圣旨一下，锦衣卫把4个犯官逮到午门之外。两个翰林各受廷杖60下，并予以“削籍”，即褫夺了文官的身分而降为庶民。另外两个官员因为言辞更加孟浪，多打20下。打完以后再充军边省，终身不赦。掌刑人员十分了然于犯官的罪恶，打来也特别用力。十几下以后，犯官的臀部即皮开肉绽，继之而血肉狼藉。受责者有一人昏死，嗣后的复苏，也被公认为是一个奇迹；另一人受刑痊愈之后，臀部变成了一边大一边小。刑罢以后，锦衣卫把半死半活的犯官裹以厚布，拽出宫门之外，听凭家属领回治疗。有一些官员向犯官致以慰问，被东厂的侦缉人员一一记下姓名，其中的某些人且在以后被传讯是否同谋。

    皇帝的行动如此坚决而且迅速，无疑大出于反张派的意料之外。皇帝紧接着又降下敕书，内称，参奏张居正的人假借忠孝之名掩盖一个大逆不道的目的，即欺负朕躬年幼，妄图赶走辅粥，使朕躬孤立无援而得遂其私。此次给予杖责，不过是小示做戒，如果有人胆敢继续顽抗，当然要给予更严厉的处罚。这样严肃的语气，等于为再敢以行动倒张的官员预定了叛逆罪，使人已无抗辩的余地。这一恐吓立即收到应有的效果。除了一名办事进士名叫邹元标的又继续上疏弹劾以外，没有别人再提起张居正的不忠不孝。事情就此结束。最低限度在今后5年之内不再有人参劾元辅，非议夺情。至于那个邹元标，由于奏章呈送在敕书传遍百官之前，因此加恩只予廷杖并充军贵州。此人在以后还要兴风作浪，这里暂时不表。

    张居正用布袍代替锦袍，以牛角腰带代替玉带，穿着这样的丧服在文渊阁照常办事。皇帝批准了他的请求，停发他的官傣，但同时命令官中按时致送柴火油盐等日用品，光禄寺致送酒宴，以示关怀优待。倒张不遂的官员大批桂冠离职，他们推托说身体衰弱或家人有故，所以请求给假或退休。此时北京城内还发现传单，内容是揭露张居正谋逆不轨。东厂人员追查传单的印制者没有结果，只好把它们销毁，不再呈报给皇帝，以免另生枝节。

    次年，即1578年，张居正服用红袍玉带参与了皇帝的大婚典礼。礼毕后又换上布袍角带回籍葬父。他从阳历4月中旬离京，7月中旬返京，时间长达3个月。即使在离京期间，他仍然处理重要政务。因为凡属重要文件，皇帝还要特派飞骑传送到离京1000里的江陵张宅请张先生区处。

    张居正这一次的旅行，排场之浩大，气势之烜赫，当然都在锦衣卫人员的耳目之中。但锦衣卫的主管者是冯保，他必然会合乎分寸地呈报于御前。直到后来，人们才知道元辅的坐轿要32个轿伕扛抬，内分卧室及客室，还有小僮两名在内伺候。随从的侍卫中，引人注目的是一队鸟铳手，乃是总兵戚继光所委派，而鸟铳在当日尚属时髦的火器。张居正行经各地，不仅地方官一律郊迎，而且当地的藩王也打破传统出府迎送，和元辅张先生行宾主之礼。

    队伍行抵河南新郑县，张居正见到了被废乡居的故友高拱。两人相见，恍如梦寐。张居正尽力弃嫌修好，指着自己的鬓边白发，对高拱感慨不已。高拱当时已经老病，两人见面后仅仅几个月，他就与世长辞了。张居正绝对没有预料到，他和高拱之间的嫌除，不仅没有随着这次会面而消弭，而且还在他们身后别生枝节，引出了可悲的结果。

    1578年前后，年轻的皇帝对张居正的信任达到最高点。这种罕见的情谊在张居正离京以前的一次君臣谈话中表现得最为充分。张先生启奏说，他前番的被攻击，原因在于一心为朝廷办事，不顾其他，以致怨谤交集；万历则表示他非常明白，张先生的忠忱的确上薄云天。说完以后，君臣感极而泣。张居正回籍葬父，这3个月的睽违离别，是他们一生中唯一的一次，所以更显得特别长久。待至元辅返京，万历在欣慰之余，更增加了对张先生的倚重。