有关官员把审讯王大臣的档案送御前查阅。查阅并无结果。因为审讯记录上只写着王大臣胁下藏有短剑两把，别无详情，此案的结果则是王大臣经过审讯后在1573年阳历3月25日处决。这一重案竟如此不了了之，使已经成年的皇帝大为不满。他一度下旨派员彻底追查全案，后来由大学士申时行的劝告而中止。申时行说，事情已经过去10年，除了冯保以外，所有与本案有关的重要人物都已去世，如果再作清查，不仅水落石出的可能性甚少，于事无补，反而会有不少人无端被牵连，引起不安。

    高拱在生前就以权术闻名于朝官之间。这一《病榻遗言》是否出自他的手笔还大可研究。即使确系他的手笔或系他的口述，其中情节的真实性也难于判断。但当日确有许多人坚信书中所述真实不虚，许多证据十分可靠。遗憾的是此书问世之时，差不多所有能够成为见证的人都已离开了尘世。

    此书内容的可靠程度可以另作别论，但至少，它的出版在朝野都产生了极大的影响，成为最后处理张居正一案的强烈催化剂。在这以后，在万历皇帝对张先生回忆之中，连勉强保留下来的一部分敬爱也化为乌有。他发现，他和他的母后曾误信张居正的所作所为是出于保障皇位的忠诚，而现在看来，张居正不过是出于卑鄙的动机而卖友求荣，他纯粹是一个玩弄阴谋与权术的人。

    更加严重的问题还在继续被揭发。有一种说法是张居正生前竟有谋反篡位的野心，总兵戚继光的精锐部队是政变的后盾。持这种说法的人举出两件事实作为根据。其一，一次应天府乡试，试官所出的题目竟是“舜亦以命禹”，就是说皇位属于有德者，应当像舜、禹之间那样，实行禅让。这样居心险恶的题目，对张居正为劝进，对天下为舆论的准备。其二，张居正经常处于佞幸者的包围之中，他们奉承张居正有人主之风，而张居正竟敢含笑不语。对于前者，即使真像旁人所说，过错也并不能直接归于张居正；对于后者，不妨目之为骄奢僭罔，这些都还可以容忍。最使万历感到不可饶恕的是张居正对别人奉承他为当今的伊尹居然安之若素。伊尹是商代的贤相，辅佐成汤取得天下。成汤去世，又辅佐他的孙子太甲。太甲无道，伊尹就废之而自代。经过三年，直到太甲悔过，伊尹才允许他继续做商朝的君主。由于十年来的朝夕相处，万历对张居正毕竟有所了解，他并不相信张居正具有谋逆篡位的野心，然而张居正以师尊和元辅的身分经常对皇帝施加压力，难道不正是当年伊尹的翻版吗？张居正成了伊尹，皇帝自己又岂非无道的太甲？

    对于张居正及其遗属的处理，在1583年夏季以前，万历已经褫夺了张居正三个儿子的官职，撤销了张居正本人生前所得到的太师头衔。尽管情况仍在进展，但是他仍想适可而止，以全始终。又过了一年，即1584年阳历5月，辽王的王妃控诉张居正生前出于个人恩怨，又为了攘夺府邸而蒙蔽圣聪，废黜辽王，理应籍没。这时万历觉得张居正竟敢侵犯皇室以自肥，实属罪无可逭，因此下决心同意了这一请求。

    张居正死后两年再被抄没家财，在技术上还造成了一些更加复杂的情况。按本朝的习惯，所抄没的家财，应该是张居正死后的全部家财，这两年之内被家属花费、转移的物资钱财必须全部追补，即所谓“追赃”。而应该追补的数字又无法有确切的根据，所以只能根据“情理”的估计。张居正生前毫无俭约的名声，负责“追赃”的官员即使意存袒护，也决不敢把这个数字估计过低。张居正的弟弟和儿子在原籍江陵被拘留，凑缴的各种财物约值白银10万两以上。这个数字远不能符合估计，于是执行“追赃”的官员对张居正的长子张敬修严刑拷打。张敬修供称，确实还有白银30万两寄存在各处，但招供的当晚他即自缢身死，几天之后，张家的一个仆人也继而自杀。

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