如行星的形成、重量、潮汐、人体等。但就在1633年，伽里略由于发扬了哥白尼的太阳中心论、主张地球围绕太阳运转而受到宗教裁判所的监禁，笛卡尔被吓住了。终于不敢把《论世界》拿出来问世，一直到笛卡尔死后二十七年才出版。1648年他又写了论人体的描述，于1664年由他的朋友克莱尔色列以《论胎儿的形成》之书名出版。《论人》和《论胎儿的形成》都是关于生理学的书。在这两本书里，他把人体完全看成是机器，人的五脏六腑就同钟表里的齿轮和发条一样，拨上弦它就能动，而血液循环就是发动力，外界所引起的感觉由神经传到大脑，在松果体里告知“动物精气”（也称“动物灵魂”），由动物精气发布对付的命令。

    笛卡尔在这一点上无疑是曾写过《人是机器》一书的法国十八世纪唯物主义者拉美特里的先驱。

    笛卡尔的时代是奥古斯丁的经院哲学占学术界统治地位的时代，奥古斯丁哲学虽然反对亚里士多德哲学，因而也与阿奎那的哲学对立，但无论如何，天主教神学究竟是与科学水火不相容的。拉夫赖公学为伽利略发明天文望远镜而举行的狂热庆祝活动给青年笛卡尔留下深刻的印象。通过天文望远镜可以看到月球并不是象肉眼所看见的那么平坦，而是凹凸不平的山川河谷，同时也看见木星的卫星、太阳的黑子，以及一大片从来没有看见的天体。这使得青年笛卡尔为之欢欣鼓舞。但是，过去认为几十丈以上的上空就是上帝所在的天堂，而今地球围绕太阳这一转动，转得天翻地覆，天堂、地狱哪里去了？赏善罚恶的人格上帝居于何方？主张无神论吗？不行。1633年伽里略受到宗教裁判所的严厉处分无异是给了笛卡尔一个严重警告。当年7月22日给他的好友麦尔赛纳神父的信中说：这个事件“使我大为震惊，以致我几乎决定把我的全部手稿都烧掉，或者不拿给任何人看。……我承认，如果〔地球是动的〕是错误的话，那么我的哲学的全部基础也都是错误的，因为这些基础显然都是由它证明的，而且它和我的论文是紧密相连的，去掉它则其余部分都将不成体统了。”笛卡尔曾下定决心不再发表任何论文；但由于麦尔赛纳以及其他朋友们的敦促，他又于1635年开始写《折光学》、《大气现象》和《几何学》，于1636年12月写完，由于出版商的催促，匆忙地写了一个序言，几经斟酌之后，定名为《谈为了很好地引导其理性并在科学中探索真理的方法，外加折光学、大气现象和几何学，它们是这个方法的实验》。由于书名太长，简称《谈方法》作为三篇文的序言，出版于1637年。麦尔赛纳曾劝他把书名用“论”（traité）好，笛卡尔说该书只是个“意见”（Avis），不敢称“论”，最后决定取名“谈”（Discours）。

    笛卡尔于1628年到荷兰定居。在他去荷兰之前，曾用拉丁文写了《指导精神的规则》（简称《规则》）。该书一直到他死后五十一年（1701年）才出版。1629年他写了关于形而上学的小册子，没有写完就中断了。1639年11月至1640年3月他用拉丁文写了他的一本主要哲学著作《第一哲学沉思集，其中论证上帝的存在和灵魂的不灭》，但书中没有讲到灵魂不灭，只谈到灵魂与肉体是有分别的。麦尔赛纳劝他把书名改一改，笛卡尔没有同意，认为这个提法会引起巴黎神学院的重视，直到1642年再版时才把“灵魂不灭”改为“灵魂与肉体的区分”。书成后，他先后接到哲学家们和神学家们六组反驳意见，笛卡尔都一一做了答辩。六个沉思和六组反驳及答辩于1641年出版。据笛卡尔自己说，这本书虽然是有关形而上学的，但他的全部物理学原理都包含在内。

    1642年，笛卡尔开始用他未出版的《论世界》的内容写了一本哲学大全，献给被推翻了的波希米亚国王菲德利克的女儿伊