以民国七年夏间，北京各校学生，曾为外交问题，结队游行，向总统府请愿。当北大学生出发时，我曾阻止他们，他们一定要参与。我因此引咎辞职，经慰留而罢。”在蔡元培的辞职信中，他批评了北京的政治文化，认为它是一种毒素，会伤害接触它的每一个人。北大在这种毒素的包围之下，生存是困难的。

    同样，蒋梦鳞先生在《洒潮》里也详细写到蔡元培校长的态度：“他说，他从来无意鼓励学生闹学潮，但是学生们示威游行，反对接受凡尔赛和约有关山东问题的条款，那是出于爱国热情，实在无可厚非。至于北京大学，他认为今后将不易维持纪律，因为学生们很可能为胜利而陶醉。他们既然尝到权力的滋味，以后他们的欲望恐怕难以满足了。这就是他对学生运动的态度。有人说他随时准备鼓励学生闹风潮，那是太歪曲事实了。”

    蔡元培有一句名言“救国不忘读书，读书不忘救国”。然而，两者之间存在着一定的裂隙，这一裂隙有时小、有时大，随着中国政治局势的变化而变化，而并非先生所想象中的理想状态。两者孰重孰轻呢？

    学生运动与自由主义、个人主义以及为学术而学术的理念之间有相当的矛盾之处。蔡元培先生自己也并没有完全找到一条真正的中庸之道来。1931年，“九一八事变”爆发，学生中掀起了反对日本军阀侵略的怒潮。当国民党中央正在南京开会时，学生涌到中央党部前面。蔡元培先生挺身而出，向群众宣讲读书与救国两不忘的道理，首先得使自己成为抗日建国的有用人才。不料因人声嘈杂，先生的声音又不很宏大，再加上许多学生并不认识先生，先生差点被莽撞的学生殴打。先生因此深感学生运动领导权的失堕，为之极其惋惜。

    其实，这就是现代大学精神的内在冲突：大学处在社会当中，怎样做到既独立于社会，又影响和引导社会？大学不是一个挑花源，大学与社会有着千丝万缕的联系。尤其在近现代中国社会里，现实环境相当恶劣，空谈学术中立无异于缘木求鱼。蔡元培提倡的是一种超功利的关怀，这种关怀超乎于任何党派、团体的利益之上，具有形而上的味道，是由人的与生俱来的对自由的渴望驱动的。这种关怀的实施却是相当困难的，像蔡元培先生这样崇高人格的人才可能实践它，因此，它的操作性就停留在一个很低的层面上。其他的大学中人，都自觉不自觉地把介入现实与个我利益结合起来，使大学参与社会这一行为本身趋向于功利化。

    蔡元培的心目中考虑的问题是：学生怎样担当公民义务？不是应不应该参加学生运动，而是以怎样的心态参加学生运动。

    1918年，蔡元培为学生刊物《国民杂志》撰稿时写道：“让学生们承担国民的义务是《国民杂志》渔扬的观点。但是如果学生的职责仅仅是读书的话，他们又怎能牺牲用于学习的时间和精力去承担平民百姓应有的义务呢？答案是：学生是被他们自己拳拳的爱国热忱所驱动。这个国家的大部分民众对国家的命运漠不关心，似乎国家的前途与他们毫无关系，但还是有一部分社会中坚把为国家服务视为己任。理解这种爱国情操并真诚地为国家强大而努力奋斗的人毕竟只占少数。如果学生不能帮助这少数爱国志士去唤醒麻木的民众，那又有谁能行呢？学生们宁愿牺牲自己的学习时间和精力来办好这个志在救国的杂志，他们的诚挚不能不令人钦佩。”显然，他肯定了学生的参与精神，并意识到在现代中国这一特定时空中，再来当隐士是不可能的了。他看到了学生身上的朝气和活力，而且被其深深地感动。

    在1920年所作的一次题为（学生的责任和快乐）的演讲中，蔡元培则从另一个角度阐明自己的观点：“我再回溯到‘五四’运动以后，我们一般学子受了这种感触，其中由自觉到觉人的很不少，至若学生去岁干预政治问题，本是不对