下倭兵，久攻不克，倭贼多有遁走，与俞大猷一起被免官，“戴罪办贼”。不久后，毕竟王直寇平，戚继光得以复官，改守台州、金州、严州三郡边务。

    力战歼倭的俞大猷、戚继光初入浙江时，他深觉卫所的职业明军战斗力太弱，而浙江金华、义务两地民风剽悍，于是就在两地招募士兵三千人，精挑细选，教以击刺格斗以及使用长短兵器的技巧，日日操练，精习他自创的“鸳鸯阵”和“一头两翼一尾阵”，终于把这三千人炼成抗倭的“王牌军”。

    根据沿海地带多水洼崎岖地形，戚继光因地制宜，不求快马驰驱，专门训练兵士熟悉当地形编制战斗策略，演习阵法，务求进退有方。而且，在他操练下，这数千军人的战舰、火器、兵械等物皆精益求精，旗号鲜明，时人称之为“戚家军”。但是，在嘉靖四十年以前，“戚家军”皆配合俞大猷等部作战，不是十分出名。

    嘉靖四十年，大批倭寇集团出击，杀掠桃渚、圻头等地。戚继光闻讯，提军直趋宁海，控扼桃渚，在龙山一带大败倭寇，一直追至雁门岭。

    倭寇的情报系统很灵，得知戚继光出军后台州空虚，一大股真假倭混杂的倭寇直扑台州。戚继光即刻回军，与入围台州的倭寇展升殊死战，临阵手刃贼首一名，倭寇大败，不少人堕入瓜陵江淹死。刚刚料理完这一拔，坼头的倭寇又随后进攻占州。不料想，戚继光先发制人，迎头邀击于仙居，使这群自送上门的倭寇无一人逃脱。

    一月之间，戚继光九战皆捷，俘斩倭寇千余人，淹死的倭寇成千上万，由此他声名大噪，浙江倭患渐息。

    倭寇们见渐江立不住脚，纷纷窜入福建，北自福州、宁州，南至漳州、泉州，千里沿海，骚扰不绝。于是，胡宗宪命令戚继光率6000多人自浙入闽，在福建杀倭。

    自温州赴闽的倭寇联合福宁、连江一带倭寇攻陷寿宁、政和、宁德；自广东南澳赴闽的倭寇与福清、长乐诸倭合陷玄钟卫，大田、古田、蒲田等地岌岌可危，形势非常严峻。

    宁德城外十里处有一横屿岛，四面皆水路险隘，倭寇千余精兵，裹挟数千良民，在岛上结营，气焰嚣张。明朝当地官军一直不敢进攻，相持逾年。而且，陆续而至的新倭又在营田、兴化一带结营，与横屿倭寇互为倚援，一方大震。

    戚继光到达后，下决心先啃下横屿这块硬骨头。

    横屿与陆地之间可涉地面退潮后皆是淤泥。戚继光观察地形后，果断下令，命手下兵士人人持草一束，边进攻边投草，稳扎稳打，逼近岛上倭寇大营。

    倭寇没有心理准备，拼死顽抗，被戚家军打得大败，二千六百多人被杀不说，横屿老巢也连锅被端。

    戚继光一鼓作气，乘胜至福清，击败牛田倭寇，倾覆其巢穴，余贼遁走兴化。

    戚家军死追不放，乘夜拨栅，连克六十营，斩首千余级。依理，戚家军可以乘间作大休整。但戚继光善出奇兵，旋帅回福清，在东南澳正好迎击刚刚登陆的一支倭寇，击斩二百多人。此时，明军刘显一部在福建也屡屡破倭，众倭散逃，“福建宿寇几尽”。

    大胜之下，戚糨光在平远台勒石细功。

    年底，戚继光率浙军离闽返浙。

    好景不长，听闻戚家军还渐，散逃于海上的倭寇们汇聚，重新反攻福建各地。

    嘉靖四十一年底，近万人的倭寇精锐部队包围了兴化城，围城一月之久。兴华由于是府城，墙高砖厚，倭寇很难攻入。不幸的是，明军刘佥一部有个八人小分队到兴华送情报，途中被倭寇截杀。倭寇派队伍中的华人穿上号衣，化装成刘显手下入城。半夜，八名贼人乘黑斩杀城门明军守将，大开城门。城外倭寇一哄而入，攻陷了兴华府城。入城后，倭寇杀伤不少明朝守军，明军只有一两名守将逃脱。