遗迹重建了灭绝的类型时，居维叶仍坚持认为它们属于灭绝的物种，与进化没有关系。

    居维叶首先努力研究他在诺曼底海岸采集到软体动物，恐怖时期他曾在诺曼底避难（Coleman，1964）。当迁到巴黎之后，他在自然博物馆安心研究脊椎动物，这个博物馆是革命政府在布丰旧的皇家植物园基础上建立的。在博物馆，居维叶巩固了他的科学和政治地位，在拿破仑崛起和最终失败期间，他都成功地保全了自己。大约在1800左右，他非常喜欢比较解剖学的技术，描述和比较了他所得到的各种动物的结构（Cuvier，1805）。他通过这些研究，得出了新的动物分类体系（Cuvier，1812a），以及对动物界的新的理解和有用的科学原理的论述（Cuvier，1817；Outram，1986）。

    创立新比较解剖学的是布丰的同事道本顿和其他18世纪后期的博物学家。但是居维叶极大地强调了对每一种动物内在结构研究的必要，因此他能够认识到每一种动物的精妙复杂性，认识到在动物的所有部分之间，肯定存在着精致的相互作用，这样才能保持生物的功能。他强调“部分之间的相关性”，认为那是使生物整体产生生命所必须的器官之间的关系。同样，“存在的条件”在动物个各部分与动物的环境之间建立了必要的联系。一旦解剖学家对于不同的动物有了足够的了解，他就可以根据预测建立一个有活性的、结构所需的关系。假如一种类型有尖利的爪子，那么这种类型一定是食肉动物，而且一定还具有适于捕捉和撕咬猎物的牙齿。据说居维叶对于这些关系的了解已经到达相当的程度，以致于他可以根据一块骨头，凭借想象，重建完整的动物。

    有了关于动物内在结构的良好知识，便会产生出可以用于分类的关于动物相互关系的新见解。居维叶宣称，在分类时，应该更加重视实质上与动物的感受性和运动能力相关的性状，而不是表面的特征，这就是“性状从属原则”。按照这种原则，就需更加重视神经系统，而且居维叶认识到，那些与脊柱相关的结构代表了统一林奈系统的哺乳动物、鸟类、爬行动物和鱼纲的基本性状。他因此而创立了脊椎动物的分支或“类型”，并以此作为动物界的基本划分。到那时，无脊椎动物还很少为博物学家所关注，因为它们被视为动物界的低等部分，但是居维叶在对无脊椎动物的认识中也Cuvier，使用了他的方法，并将其分成三个额外的组织类型。脊椎动物的四种类型代表了一种基本的归类计划，动物的结构可能就是建立在这种计划之上的。无脊椎动物类型比脊椎动物低等，并不是仅仅因为它们缺乏内骨架；而是因为无脊椎动物是建立在三种不同的组织类型之上，这种组织类型无需骨架也能行使功能。

    这样的动物划分祛除了从旧的存在链条继承下来的对动物的线性排列方式。。博物学家可能凭直觉感到有些动物的组织形式比另外一些动物的高，但是凭借这种直觉还不能令人信服地指导分类。仅仅因为我们是脊椎动物还并不能使我们假定所有的无脊椎动物都是低等类型。一种脊椎动物并不一定比软体动物高等，只不过是不同，而且这种差异是非常基本的，因此将一种动物排列在另一种动物之上就没有意义了。居维叶甚至对在脊椎动物类型中再排列出纲也表示怀疑，而他把鱼和哺乳动物只是看作适应不同习性的不同种类脊椎动物。经过了几十年，多数博物学家才能接受这种与旧的阶层体系截然决裂的观点，然而，这种观点对于进化论兴起的作用是巨大的。不再可能去考虑动物界的线性进步的问题；每一种类型可能要被描绘成树状发展中的不同枝杈。

    当时人们是否认识到，一种类型中所有物种的基本相似，意味着所有物种来自共同的祖先类型？居维叶反对这种看法，反对一种物种可能变成另一种物种