同的结构碰巧具有相似的功能。这种表面的相似适应对于分类来说没有意义，因为它们并不是由于结构的相同。相反，同源是指不同的生物的同一结构具有不同的用途。因此在蝙蝠的翼和鲸的鳍状肢中存在着与人的手上的骨骼几乎相同的对应部分。尽管人手、蝙蝠翼和鲸的鳍状肢的功能不同，但它们之间却存在真正的关联，表明这三种动物都属于同一个纲，哺乳动物纲。

    在欧文看来，许多差异的类型可以通过同源联系起来，整个类型通过原型联系起来，从而揭示出特创计划的内在统一。在《论肢的性质》（Owen，1849）一书中，他将唯心主义与英国的自然神学传统结合了起来，提出了一种新的、更加精致的关于设计论据的观点。佩利的追随者分别研究每一种类型，以求发现结构对功能的适应，好作为证明上帝仁慈的证据。而这时欧文却指出，虽然适应的结构存在很大的差异，但是对于脊椎动物来说，这些结构是建立在同一结构计划上的。他坚持认为，这种根本的统一不可能是偶然形成的：这肯定表明造物主是理性的，他力图向我们证明他创造的是一个逻辑的图景（Bowler，1977a）。

    欧文对同源的理解使他能够接受分支发展的概念，反对线性发展的思想。同源就是同样基本计划的不同表现，因此不一定要援引线性的、直至人类的阶层体系。为什么要在鲸和蝙蝠中区分出高等和低等，难道仅仅因为一个适应水中的生活另一个适应空中的生活？于是，对于冯·贝尔提出的胚胎发育是沿着不同方向的特化过程的观点，欧文可以认识到其中的含义。作为一名古生物学家，他自然联想到利用同样的原则也可以探讨化石记录中所显现的趋势。生命历史所经历的最重要过程恐怕不是贯穿各个动物纲的线性上升，而是每一个纲内的类型自其开始因为寻找不同的适应可能所发生的分支过程（Bo，1976，1981；Desmond，1982）。

    欧文这时已经认识到特化的程度，而佩利的追随者则忽视了这一点，他们努力要表明每一个物种都同样证明了上帝的完美创造。一个动物纲的有些成员高度特化，适应很窄的生命方式，而有些成员的结构则不太特化，适应的生命方式也更宽泛。欧文具有丰富的化石经验，使得他能够发现化石记录中的任何动物纲的早期成员通常具有不太特化的结构。在动物纲的历史中并不存在向着“更高”成员的线性序列，而是通向不同发展路径的辐射图景，每一个路径都导致特化程度的提高（Owen，1851，1860）。动物纲的历史与我们根据冯·贝尔系统所描述的该纲现代成员胚胎发育相比，具有类似的图景。动物纲的发展无需单一的目标，只需具备进步的“特化”，这种观点与旧的以人为中心的先验论不一样。

    1860年，欧文不得不承认他关于特化的工作支持了达尔文新近发表的自然选择学说，按照这个学说，根据适应的驱动力，可以预期在化石记录中会存在同样的图景。然而欧文并不接受自然选择学说，而且他写过措辞严厉的批评的评论，以致于史学家将他看作进化论的突出反对者。欧文观点的真正地位仍是一个有争议的问题。显然，他早期致力于攻击转变观，因为那些观点显然含有唯物主义（Desmond，1985）。到了19世纪50年代，他开始认识到，神的计划的展示过程中有可能经过了含有转变的自然过程（MacLeod，1965；E.Richards，1987；相反的观点见Brooke，1977）。早在1849年，他在《论肢的性质》一书中就提到过新的生命类型的产生是由于“直接的原因”或“法则”。这意味着他已经抛弃了神奇创世的观点，并且把上帝视为自然中一些力量和原因的化身。生命历史的趋势代表了神的自然计划的展示，所以，“创世法则”中可能蕴涵了造物主的智慧和远