虫模仿的研究。贝茨在首次游历南美时，曾经与华莱士结伴，他致力于研究亚马逊森林中具有艳丽色彩的昆虫（Bates，1863；Beddall ，1969；oodcock，1969；有关对贝茨发现的另一种解释，见Blaisdell，1982）。他的工作是研究模仿与警戒色之间的关系。最突出的模仿是昆虫伪装成一种非生命物质，以逃避捕食者的注意。那些对于鸟来说味道不好的昆虫，则走向另一个极端，具备了非常漂亮的警戒色，以防被偶然抓住。贝茨还发现了另一种模仿，一种可食的昆虫，模仿了另一种不可食昆虫的形态（Bates，1862）。选择是解释这些昆虫具有特异性颜色的最合理观点。因为昆虫不能控制它们翅的颜色，所以模仿的效果不可能是由于拉马克式的凡使用部分一定会遗传的机制。选择肯定照顾那些偶然以这种方式发生变化从而得到保护的个体：它们会生活的更长久，繁衍更多的后代，最终整个物种都会具有这种保护色。

    在后面的章节中，达尔文论述了那些用他的理论可以说明的现存生物学领域。虽然他不得不更多地涉及由于地质记录不完备所带来的困难，但他还是用了整个一章表明已有的生命史轮廓与他的理论相符。自然选择不是注定导致发展的机制：当变化成为优势时，物种发生变化，但是也有一些物种保持其原先的形态。化石记录表明，不存在恒定的变化速率：有些物种变化很快，有些物种在很长的地质时期中保持稳定。在有些情况下，有些很古老的形态今天仍然生活着，几乎没有发生变化，即所谓的活化石。按照达尔文的理论，这种不变很好理解，因为一旦某一物种适应了稳定的环境，那么就没有理由非得变化。只要一个更适应的竞争者没有出现，那么不一定会灭绝。不存在预定的发展图景，因此没有哪两个进化分支会产生同样的结果（尽管当两个物种适应于类似的生命方式时，趋同可能会产生表面上的相似）。结果，进化是不可逆的，一旦某一特定类型由于灭绝而淘汰，它绝不会再次出现。古生物学家对于这种概括很了解，后来对此赋予了一个名字，“多洛律”（Goul d，1970）。当一种新的纲出现后，自然选择将产生一种普遍的歧化和特化趋向，这里达尔文可以引述理查德·欧文的古生物学工作及其他人的工作，表明在地质记录中的确可以发现这种趋向。最后，达尔文可以指出，他在南美时已经注意到这种类型连续法则。在一个大陆区域内，类型的连续具有基本的相似性，如果新物种的确是由于原先物种转变而来的，那么类型的连续性便会如所预期的那样。达尔文并不相信他所发现其遗迹的巨大犰狳和树懒是现存更小类型的祖先。小的类型和大的类型同属一个类群，大的类型是灭绝了的那个分支，但是地质记录还表明，在大的类型生活的年代，还相伴生活了一些亲缘关系比较近的较小类型，这些小的类型生存了下来，并变成了现代一些南美动物的祖先。

    的第二章论述的是生物的地理分布，当时正是通过生物的地理分布，激发了达尔文转而相信进化。他坚持认为，不可能通过宣称每一个物种占据了完美适应的区域来解释生物的地理分布。气候非常类似的地区有时候生居着不同的动植物，而有些非常类似的类型分布的地理区域却很广。理解生物地理分布的真正线索在于研究限制每一种生命类型离开其原初区域的地理隔离。这样便证实了现在的分布是一个历史过程的结果、每一种相继的类型尽可能拓展自己的区域并适应了所面临的各种环境的思想。难以逾越的区域显然是通过不寻常的方式跨越的，达尔文就记录了一系列扩散机制的尝试，比如通过鸟的脚传播种子。隔离的岛屿，比如加拉帕格斯群岛，通过这种偶然的方式接受定居者，通常它们来自最近的大陆区域。而在大陆上，根据某一地质时期气候波动的程度，可以解释现在生物分