虽然后来的博物学家不得不抛弃他的一些具有开创性的见解，但是他却提出了一个有关重要的观点，涉及直接呼吸空气的脊椎动物是怎样从鱼进化来的。

    在倡导这种研究的人当中，最著名的就是恩斯特·海克尔（B(lsche，1906）。在海克尔的进化哲学中，自然选择只是起到了次要的作用，因为他将自然选择结合到他从唯心论的角度对生命之间关系的探讨和他所复活的拉马克获得性遗传的观点中。［海克尔认为］生物族的形成是由于对环境的直接反应，然后由于在族水平上的生存斗争，决定了只有最适者才能生存。生物最终总是向着进步的方向进步的；人类是迄今为止所产生出来的最高等类型，而且人类还能向着更高的水平发展。开始时海克尔是个唯物论者，后来他则倡导一种“一元论”哲学，根据这种哲学，心身属于同一宇宙的不同方面。这种观点有明显的意识形态倾向，而且人们认为海克尔的“一元论者联盟”对于后来纳粹思想基础的确立有一定的影响（Ga sman，1971）。

    海克尔对于生命历史的重建被当作新进化论的重要方面，他的著作，即使是英译本（1876，1879），也有很多读者。虽然缺乏化石证据，但是海克尔还是满有把握地预测了直到人类的进化过程。尽管认识到这个过程的复杂性，但是他还是愿意强调注定会产生出更高等的类型，从而给了人们一个生物进化是必然进步的印象。一个主要的问题是，他宁愿将现代的类型看成是在向着人类发展过程中主要阶段的几乎没有变化的残留物，而忘记了任何生命都可能连续地变化，即使按照我们非常拟人化的观点看有些生命不属于进步的关键路径，但是并不影响。

    作为一名显微镜学家，海克尔描述了最早的生命阶段，在这一阶段，单细胞生物进化成为具有原始体内管道的多细胞类型。他把这个假想的整个动物界的祖先叫做“原肠动物”。从原肠动物进化出各种无脊椎动物类型，包括被囊动物，海克尔认为被囊动物与脊椎动物的祖先有密切的关系。人们根据A.柯瓦列夫斯基对文昌鱼的研究提出这种动物是原始的现代动物，这种动物没有骨骼，是整个脊椎动物或脊索动物门的祖先。从这种动物进化出真正的鱼，特别是肺鱼，肺鱼可以在短时间内呼吸空气。肺鱼通过具有肢和具有一定功能的肺，进化出两栖类，从两栖类又进化出爬行类，爬行类可以在干燥的陆地上产卵。海克尔猜想从大量不同种类的爬行动物分别出哺乳动物，而鸟类是则属于另一个分支。最初的哺乳动物类似于现代的单孔类（比如鸭嘴兽），之后是有袋类，然后出现的是真正的哺乳动物。从这个纲分生出现代不同的哺乳动物目，包括灵长类——猿和人。海克尔甚至发明了类人猿这个词来表示从猿进化到人的中间类型。