们认识到，在研究达尔文主义与宗教的关系时，需要采取一种灵活的态度。这种复杂的情况常常被来自科学和宗教两个方面的狂热者弄模糊了，他们坚持认为科学与宗教一定要发生冲突。的确有一个激进的唯物论团体试图充分探讨达尔文主义的反宗教含义，不过这是一种极端的立场，它并不代表许多科学家和神学家的观点（Greene，1961；Moore，1979；Durant，1985）。就如同生物学家愿意接受的自然论世界观不同一样，神学家愿意融合到他们思想中的进化论程度也不一样。只有为数不多的人顽固地坚持不与一种新理论妥协。由于相信神奇力量创造出的物种是绝对固定不变的，因此他们坚持存在只有人的心灵可以感知的神定真理这个传统的观念。少数极端保守的生物学家，包括路易斯·阿加西和J..道森，一直在坚持这种观点（OBrien，1971；Cornell，1983）。矛盾的是，少数虔诚的开尔文教人士却愿意完全采纳达尔文的理论，包括自然选择学说（Moore，1979）。对他们来说，一种其含义可能令人困惑的理论——认为在法则的严格作用下，并不确保进步——可以与基督教的人是堕落的生物、其救赎要依靠世界之外力量的观点相吻合。

    多数科学家和神学家试图找到一条中间道路，他们修改了达尔文主义的结构，这样就可以将进化看成是本质上进步的过程。达尔文自己的理论起源于佩利和马尔萨斯的功利主义神学，按照这种神学，即使是罪恶也是以符合上帝设计的方式对最后的善有所帮助的。这时，达尔文本人发现，很难将自然选择与上帝设计的观点协调起来，而多数人则发现，自然选择的机制太残酷，也太自私，无法将其视为仁慈的上帝造物时所选择的方式。只有在选择被能够体现造物主意图的进步所取代的情况下，进化才能被接受为造物的机制。在早期关于的争论中，许多科学家和神学家选择了一种妥协的立场，认为在某些超自然力量的引导下，导致了向着适应和进步的进化。然而，这种有神论的进化概念对科学并不利，因为这种概念依然妨碍着生物学家对于自然现象作出完全自然的解释。

    在19世纪，随着时间的推移，人们越来越将拉马克的获得性遗传机制作为解决这个问题的方法，按照获得性遗传的观点，个体动物的选择可以决定整个物种的适应目标。对于许多宗教思想家来说，一种由生命指导其自己发展方向的普遍进化系统，似乎是拯救上帝设计论点的最好方式。这种浪漫主义的进化观被称作“达尔文主义论”，以区别密切追随自然选择精神的“达尔文主义”（Peckham，1959）。达尔文的名字的确常常与任何形式的进化论联系在一起，但是进化论这个词的内涵太含混，多数采纳拉马克主义观点的科学家清楚地认识到，他们与达尔文主义者之间存在着重大的分歧。有神论进化观和拉马克主义可以恰当地代表随着有意识的反达尔文主义哲学的出现而经历的一个连贯的阶段，其意图是要维护神的意志在自然中的作用。在许多方面，这种哲学是已经在钱伯斯的《自然创造史的痕迹》中勾勒出的发展观点的直接延续。

    人们之所以对达尔文影响程度的看法出现混淆，是因为唯物论者及其反对者尽管意图不同、但都以相同的方式修正了达尔文的进化理论。几乎所有的维多利亚时代有影响的思想家都只能容忍进化是一种本质上进步的系统：进化一定要有一个目的，其中人类的出现起到了关键的作用，而无论是否可以将这个目的追溯到超自然的造物主那里。许多激进的思想家，比如斯宾塞，否定道德价值有任何先验的来源，而是坚持认为应该遵从自然本身的法则。这样不仅可以确保个人的幸福，而且可以确保种族的进步；进步之所以可以确保，是因为事实上自然进化本身是进步的。赫胥黎之所以批评斯宾塞的进化伦