后，把两位哥哥以及侄儿索诺木阿拉布坦一齐杀掉，自己当上可汗。他不久就并吞了回部（新疆南境），又并吞了青海的和硕特汗国，使他的国土扩张到二八十万平方公里。

    噶尔丹可汗雄才大略，他的下一个猎物是外蒙古。

    外蒙古的喀尔喀部不能团结如故。一六八四年，土谢图汗攻杀了礼萨克图汗，把札萨克图汗美丽的姬妾和大批部众抢了去。中国清政府派藩属事务部部长（理藩院尚书）阿拉尼会同西藏喇嘛教领袖达赖的使节席勒图，在伯勒齐尔城（甘肃安西），召开和解会议。和解会议并不能使他们和解，反而发生了一件礼仪上的重大纠纷。蒙古地区喇嘛教主教库伦活佛（哲布尊丹巴胡土克图。库伦，今蒙古乌兰巴托），他是土谢图汗国的弟弟，在和解会议上，曾经跟达赖的使节席勒图以平等的身份，同席而坐。噶尔丹可汗得到报告，认为抓住了借口，于是他义愤填膺地宣称，库伦活佛犯了不敬达赖的滔天大罪，必须予以重惩。

    和解会议后的次年（一六八八），噶尔丹可汗自前进基地科布多（蒙古科布多）出发，向外蒙古攻击。喀尔喀的三个汗部大败，溃不成军，不得不停止内斗，紧急会商救亡措施。他们面前只有两条路，一是归附俄国，一是归附中国。这是一项重大的决定，这决定势将引起数百年甚至数千年的历史反应。库伦活佛坚持归附中国，他说：“俄国不信佛教，穿的衣服也奇形怪状。中国一片和平景象，又信佛教，穿的衣服看起来好像神仙。而且中国繁华富庶，有用不完的财宝，绸缎锦绣更多，依靠他们，生活一定愉快。”除了这些理由，还有一个更重要的没有说出来的理由，就是他跟玄烨大帝间的私人友谊最笃。三部可汗一致接受他的意见。

    玄烨大帝一面命三部撤退到内蒙古，发给临时急赈救济。一面向噶尔丹可汗呼吁放弃使用武力，退出外蒙古。噶尔丹答应放弃武力，但必须中国先行交出罪犯库伦活佛，以及土谢图汗。这是中国无法接受的，噶尔丹遂继续东进，横穿外蒙古高原，抵达二千五百公里外的克鲁伦河下游。明年（一六九○），大军更深入内蒙古，直抵距北京只有三百五十公里的乌兰布通（内蒙古克什克腾旗南）。噶尔丹可汗企图用压力使中国屈服，他犯了横挑强邻的错误。

    玄烨大帝亲自统军出长城攻击，皇子胤礻是担任先锋，到达乌兰布通，发现准噶尔兵团的主力——驼城。驼城是弓箭战争时代的产物，把骆驼的四脚绑住，卧倒在地，加上木箱和用水湿透了的毛毯，即成为可以阻止骑兵冲突的坚强堡垒。但如果用来对抗新武器大炮，就太落伍了。胤礻是用炽烈的炮火轰击，骆驼大半死掉，驼城崩溃，噶尔丹可汗乘夜向西撤退。

    可是噶尔丹已无法摆脱恶运，他的侄儿即索诺木阿拉布坦的弟弟策妄阿拉布坦，在汗国的首都伊犁（新疆伊宁）宣布即位，下令通缉弑君篡位的叛逆噶尔丹。噶尔丹撤退到科布多城后，不能再西进。他向俄国求援，愿作俄国收复雅克萨城的先锋。俄国因跟中国刚签订了《尼布楚条约》，所以对噶尔丹的提议，不作回答。

    噶尔丹不是容易屈服的人物，他驻屯科布多整补训练，五年后的九十年代一六九五年，作最后的冲刺，跟遥远东方三千公里外，嫩江河畔的内蒙古科尔沁部，秘密结盟，向喀尔喀部（外蒙古）发动夹击。他希望用闪电战术一举消灭喀尔喀部，重新控制内蒙古，建立他的新汗国。当噶尔丹再度进攻，东进二干余公里，抵达克鲁伦河时，中国三路迎击的大军早已进入攻击的位置。次年（一六九六），玄烨大帝亲自北上一干公里，到克鲁伦河畔的车臣汗牙帐（蒙古温都尔汗），指挥作战。噶尔丹望见了中国皇帝的黄龙大旗，才发现被科尔沁部出卖，中了中国的诱敌之计，他急令撤退，用最迅速的方法脱离中国东路和中路两个兵团，日夜奔驰二百五十公里，到了