远征埃及的前夜在巴黎呆了一段日子，拿破仑深切感受到在这个花花世界的大都会里，一切都是过眼烟云，自己的荣誉已经开始慢慢消逝了。夺取最高权力是他的目标，然而时机未到，督政府还没有腐败透顶，自己也还未成为全军的宠儿和偶像，尽管他对意大利军团有充分把握。他要耐心等待时机。怎么才能更好地利用这个等待的时间呢？最好的办法就是进行新的征服，击败法国的主要敌人英国，建立新的辉煌功绩，在法兰西树立起更高的威望。

    拿破仑出发了，他去考察法国北部海岸，看从此地突袭英国是否可行。在匆匆的８天行程中，他怀着极大的耐心请教了水手、领航员、走私贩子和渔民。他提出问题，全神贯注地听取回答，最后他得出结论：从英吉利海峡去进攻英国，无异于拿美丽的法兰西命运去冒险。他向外交部长塔列兰建议从世界的另一个地方去打击英国，那就是埃及。

    埃及一直是他魂牵梦绕的地方。在他生命的这个时期里，他向往马其顿的亚历山大超过了凯撒、查理大帝或历史上任何一位英雄。后来，当他在埃及的沙漠上巡游时，他半开玩笑地、半认真地对同行者表示遗憾：自己生得太晚了，无论如何不能像曾经征服过埃及的亚历山大那样，在那里宣布自己是上帝或上帝之子。他在意大利作战时就经常想到埃及，他认为欧洲太小了，真正伟大的事业是在东方进行。１７９７年８月，他曾写信给巴黎说：“不久的将来我们会感到，要真正打垮英国，就必须占领埃及。quot;因为占领埃及不仅可以骚扰英国对印度的贸易通道和整个大英帝国，而且还可变埃及为法国殖民地，从而补偿法国在西印度所丧失的殖民地。还可以为进一步征服英国财富的主要源泉印度建立有效基地。

    尽管督政府认为进攻法国的老盟友土耳其苏丹的领地埃及实属不义之举，但还是同意了拿破仑远征埃及的方案。一方面，法国在战胜大陆强国奥地利之后，迫切要求同反法联盟的重新组织者英国决一雌雄；另一方面，督政府也希望战争吸引住拿破仑的旺盛精力和智慧，以免这个令人妒嫉的、野心勃勃的年轻人在巴黎和自己作对。督政府早已看出拿破仑再也不会轻易地服从自己，签订坎波福米奥和约就是一个很好的例证。特别是１７９７年１２月１０日欢迎他凯旋的时候，他不像一个年轻的军人那样，带着激动的、感激的心情来接受祖国对自己的颂扬，而像一个古代罗马皇帝在一次战争胜利之后去参加奴颜婢膝的议会所组织的庆祝凯旋的盛会一样，态度冷淡，阴沉威严，不声不响，把眼前的一切看成是理所当然、司空见惯的事。总之，他的态度十分令人不安。这次远征埃及，正合督政府心愿，如果得胜还朝，督政府可由此巩固自己的统治。如果战死疆场，督政府可由此去掉一块心病，他们甘愿忍受失去一位才华横溢的将领的损失。远征决定了，１７９８年３月５日，拿破仑被任命为埃及远征军总司令。

    总司令立即展开了繁忙的准备工作：巡视海岸和海军、组织远征兵团、研究世界政治局势的一切动态以及英国纳尔逊舰队活动的一切消息。拿破仑几乎是一个个地选拔远征埃及的士兵。他认识很多士兵，他有着极为惊人的记忆力，他知道哪个士兵勇敢、坚强，但经常饮酒；哪个士兵很聪明、灵敏，但容易疲劳，因为有疝气病。为了使他的军队能在烈火般的阳光下作战，能走过炎热的、一望无边的荒芜的干旱沙漠，他必须挑选能吃苦耐劳、身体健壮的士兵。他还挑选了一批高级军官，贝尔蒂埃继续担任他的参谋长，布律埃斯海军上将担任舰队司令。除此之外，还有克莱贝尔、狄舍、拉纳、贝西埃尔、缪拉、朱诺、达武、马尔蒙等一批着名将军。约瑟芬与前夫的儿子欧仁·博阿尔内也作为拿破仑的随从副官一同前往。

    出于对科学和文史的广泛兴趣，这次远征还带走了许多科