领域带来了新的活力，作出了一些重大的发现，引发了许多有益的讨论。直到50年代中期，鲍林的直接模板理论才被一种基于一些令人惊奇的遗传现象的抗体成形理论所替代。直到那时他才最终被证明其抗体成形理论是错误的。不过他关于抗体和抗原如何发生作用的理论仍是正确的。

    爱娃·海伦也在为战争操劳着。她在加州理工学院生物实验室里做了几个月的研究助理，帮助开发人工制造橡胶的方法。她受训担任了洛杉矶县的助理消防员和空袭警报哨，并在屋前开挖了一片战时菜园。她还从事政治活动：她认为1942年提出的拘留美籍日本人是对民权的粗暴践踏，并志愿为当地的美国公民自由协会服务以反对这项法令。

    与此同时，她对自己贤妻良母的角色仍烙尽职守。她尽力使山间的居所能够远离战争忧患，尽管这并不容易。每天，孩子们都会听见山下加州理工学院一所炸药研究所传来的爆炸声。1942年一天深夜，全家人都被空袭警报惊醒。鲍林默数着高射炮的爆破声，爱娃则安慰着孩子们。

    孩子们需要安慰。战争爆发时小莱纳斯16岁，照他后来的说法，是一个“在许多方面神经质的少年”。与父亲的关系使他伤透了脑筋。父亲高高在上，望子成龙，他永远也无法让父亲满意，同父亲在一起总是让他不舒服。鲍林对于父子关系的认识，是从学校里把一年级的化学题目带回家，让高中的小莱纳斯解答——当回答不出的时候，小莱纳斯总感到非常丢脸。尽管他的学习成绩还过得去，他在学校里总感到难以安心。他前后换了三所学校，最后才在弗林特里奇，一所距帕萨迪纳几英里之外的贵族寄宿学校安顿下来。暑假回家的时候，他总觉得自己像是一个陌生人，比二弟要大6岁，在年龄上更接近父亲叫来看孩子的研究生。他对自己的前程也感到困惑：尽管鲍林没有强求，年轻的小莱纳斯还是感到父亲希望自己能够从事科学事业，然而他无意同自己的父亲竞争。战争开始时，他决定学医，这一领域“和科学密切相关，可以让父母满意”。18岁刚从弗林特里奇毕业时，他加入了空军，离开了家。

    别的孩子也让人操心。彼得也在很早的时候就被送到了寄宿学校，在战争期间，他开始表现出古怪的行为。一个学期他带回家的可以是弗林特里奇学校里最好的成绩，而下一个学期就会下降为B和C。尽管思路敏捷，口齿伶俐，他的学校评语千篇一律地为：“他应当而且完全能够得到全A……但是他的成绩与他的能力相去甚远。”鲍林和爱娃对他的成绩深感忧虑，最后在1945年让他从弗林特里奇转学到一所公立初级学校——他轻而易举地在核心课程中拿到了全A。

    琳达长成了一个漂亮的孩子，是父亲的掌上明珠。小儿子克莱林很早就懂事了。但是山间的住处与世隔绝，琳达和克莱林不能和别的孩子玩耍。还有另一种孤独：父母经常外出。鲍林要么在路上，要么在学校里，要么就是关在八角形的书房里，那里是孩子们绝对禁止打扰的。尽管爱娃竭力想成为一个尽职的母亲，但她也同样喜欢旅行，利用一切机会陪伴自己的丈夫外出，一去就是几天，甚至几个星期。贝克讲座让他们在康奈尔大学一呆就是四个月，期间他们把婴儿克莱林和别的孩子托付给鲍林的秘书阿莱塔·汤森德照看。阿莱塔像母亲一样照顾着孩子们，和三个最小的孩子非常密切，特别是琳达。

    鲍林履行着他认为是一个父亲应尽的职责：努力工作，为家庭提供像样的住所和几件贵重物品，在必要的时候管教孩子们。尽管他所有的孩子都煞费苦心地博取他的欢心，他们毕竟还都是孩子。他缺乏耐心，如果他们太调皮或者缺乏教养的话，他就会大发雷霆。

    科学是他的挚爱，孩子们不能与科学相提并论。