我们是理想主义者，本性是和平主义者，反对战争。但是，反正我们都会被拖入这场战争——我们正在积极地备战，我们中间是否有人认为我们将永远不会陷入这场战争呢？……必须将恶性蔓延的法西斯主义——笼统地说就是独裁统治——从这原本有序的世界上彻底铲除出去。”在演说最后，他提出了一个动人的远景，一个稳定、民主的世界政府领导着一个平和有序的星球。

    鲍林相信世界是“有序的”，而希特勒的罪孽在于打破了这种秩序。这一想法将鲍林萌芽的政治思想同他的科学观统一了起来：他认为，人类世界和分子世界一样，同样可以被认知和理性化。问题的关键又是结构。如果人类生活在一个结构正确的世界上——民族主义被世界政府所取代，资本主义被科学的社会主义所取代，独裁被民主所取代——那么人类的苦难将会减少，战争将会绝迹。世界将会变得健康美好。以上这些目标有些尚遥不可及，但是希特勒是一个迫在眉睫的威胁，必须马上采取必要的行动。

    鲍林日渐激进的左翼思想使他在加州理工学院和共和党占主导地位的帕萨迪纳都处于少数派的地位。1940年秋天，理工学院学生设法组织了竞选年的一次辩论，请持不同政见的教授为各自拥戴的总统候选人辩护。他们在寻找支持罗斯福的入选时碰到了麻烦，最后只得求助于鲍林，而鲍林同意试一下。拥护文德尔·威尔基的加州理工学院的经济学教授们毫无还手之力。约翰·埃德塞尔，一位当时正在加州理工学院访问的哈佛教授回忆道：“鲍林处处占尽先机，这是一场令人眩目的表演。”但是，威尔基最终在帕萨迪纳的选举中获胜，事实上，在罗斯福参加的每一年选举中，共和党候选人都在帕萨迪纳获得了胜利。不过，鲍林发现做一个反派角色同样是非常有趣的。

    鲍林最为关切的仍然是即将来临的战争。有一阵子，他考虑参加全美科学工作者协会。这是一个左翼组织，属于伯纳尔在30年代晚期创建的一个英国组织的分支，旨在鼓励科学家思考其工作的社会影响，并动员他们将科学服务于社会福利，而不是为战争服务。全美科学工作者协会成员包括一些知名学者，但是在1940年协会在《科学》杂志上发表文章，敦促美国在欧洲战争中保持中立，这使它失去了鲍林的支持，因为他认为只有通过战争才可能打败希特勒。他公开抗议科学工作者学会“不惜一切代价维持和平”的计划，他还参加了帮助同盟国保卫美国协会和中国人民的美国朋友组织。

    大多数美国科学家对法西斯主义的看法和鲍林相仿。当1940年春天闪电战横扫欧洲的时候，国家科学院院长、加州理工学院校友弗兰克·朱厄特开始游说华盛顿，动员科学家为战争服务。美国政府采纳了这项建议，设立了国家防卫研究委员会，旨在组织并资助全国的战争科研工作，这一机构相当于海耳在第一次世界大战期间成立的全国科学研究委员会。卡内基学院主席、麻省理工学院毕业的电气工程师几内瓦·布什受命领导这一组织，并在1941年将它与医学研究委员会合并，建立了科学研究与发展局。

    这开创了美国科学界和政府合作的新纪元。随着战争的风声越来越紧，布什开始召集起一群顾问，来决定数百亿防卫开支的投向。加州理工学院的理查德·托尔曼受邀主持国家防卫研究委员会装甲和军械部的工作。他在1940年夏天来到首都上任，并推荐学院的核物理学家查尔斯·劳利森作副手。

    鲍林也被请到了华盛顿，不过是请他出主意，而不是请他当官。1940年10月，他和另外叨名化学家一同在华盛顿参加了国家防卫研究委员会二处召集的战争需求讨论会。鲍林终于觉得自己可以为打击纳粹作些有益的工作了，他全神贯注地听一群军官向科研人员描述他们希望得到的一些突破，包括新的药品、威力更大的炸