委员会和新成立的医学研究委员会一样，是科学研究与发展局的一个下属机构——并主持火箭项目内部弹道特别委员会的工作。他几乎每个月都要到华盛顿去，和操纵战争机器的那些人制定研究规划并讨论研究目标。政府的拨款也开始流向他的实验室，主要是用于炸药分析，并开发更为稳定的推进剂。鲍林很快成了一名专家，他广泛地阅读各种资料，并在1942年春夏之交参观了东部一些火药和炸药工厂。海军开始经常性地将得到的德国和日本燃料送到帕萨迪纳，让加州理工学院的科学家进行分析。在鲍林指导下创造出来的新的色谱法，可以对协约国的火箭成分进行快速准确的分析——哪怕只是从炸弹碎片上刮下来的一些碎屑。将泽希迈斯特的分离法扩展到对炸药的分析，使色谱法成为化学家的一项重要工具。鲍林说：“引进色谱分析，我们可以说是对现代化学进行了一场革命。”

    1942年春天，已经康复的鲍林急切地想为战争作贡献，一头扎进了国防研究中。他发明了一种改进的火箭炸药稳定剂，这一化合物能够使炸药燃烧得更稳定，火箭飞行的弹道也更理想。有好事者昵称它为“莱纳斯”，这一名称在第二次世界大战期间流传甚广。鲍林开始研究用合成物质来替代军事观察仪器上急需的石英晶体，并合作研制了一种穿甲弹，后来还申请了专利。

    只要有可能，爱娃仍坚持让鲍林在床上躺上半天，但是要让他减缓工作的节奏几乎是不可能的。他本来的想象力就如天马行空，现在更有许许多多问题需要他思考。而且，他选择的每一个课题，似乎都有源源不断的联邦经费。他就如同一个手执一张空白支票的男孩，闯进了玩具店。他在1942年6月写道：“这里的实验室已经失去了往日的悠闲。我们有数不清的战争研究项目，每个人都全力以赴。”他巡视兵工厂，对炸药的生产提出建议。他分析制造氧气的化学系统。他负责一个生产烟雾剂的生产项目。他还设计了一个测定溶剂中分子量的仪器，并在空余时间发明了一种他自认为不可破译的密码（他将这一发明送交陆军部，之后就杳无音讯了）。他每月一次都要登上“超级首领”列车去华盛顿，路上要用三天时间，在那里呆上一两天开会或讨论，接着就回家。他非常喜欢这一段旅程，因为他可以一边望着车窗外的群山和平原，一边安静地进行思考，觉得正在为战争贡献自己的力量。

    随着滚滚而来的拨款，鲍林实验室的规模也日益膨胀。单是火药项目就集中了大约五十个青年化学家，占满了实验室和办公室的每一个空间。他们由科里领导，科里是不可或缺的。这位生性腼腆的人原来只习惯和一两个助手共事，战争使他成了一个高效的经理。他设计的一整套汇报和规划体系使加州理工学院成为其他战时实验室效仿的榜样。

    1943年年初，鲍林的老朋友奥本海默来到加州理工学院，给鲍林带来了为战争作贡献的更好机会。自从奥本海默在十五年前试图说服爱娃到墨西哥“度假”之后，他们两人没有说过几句话；但是鲍林跟踪着这位物理学家在伯克利的学术生涯，并且通过秘密情报网得知他正在参与一项极端机密的武器项目。奥本海默仍然那么憔悴瘦削，仍然烟瘾十足，仍然自以为是。他向鲍林解释说，他正领导一个小组利用铀的同位素裂变来制造一种炸弹。他说他们正在和海森伯领导的德国人竞赛，因而至少从理论上来说，纳粹面前没有什么障碍。但是这里涉及的不光是理论。一个月前或更早的时候，费密和西拉特在芝加哥成功地控制了一次裂变连锁的反应。现在看来，肯定能够制造出一种核裂变炸弹，爆炸时，将原子核结合在一起的巨大能量就能够释放出来。

    奥本海默解释说，政府正在把巨额资金投入到这一炸弹的研制中。这将是一个巨大的项目，将涉及上千名科学家。他们都集中在新墨西哥州洛斯阿拉