千上万平民的伤亡。鲍林读后感到非常震惊。在以后的岁月里，他永远忘不了那天早晨的情景。

    奥本海默领导的曼哈顿计划取得了成功。而且奥本海默本人曾试图说服他参加那个项目的研究。

    广岛遭原子弹袭击后的第三天，又一颗原子弹毁灭了长崎。过了几天就传来了日本投降的消息。战争结束了。在随后欢庆胜利的日子里，鲍林除了对原子弹结束战争的威力感到惊奇外，并没有对原子弹本身作更多的考虑。他的注意力集中在自己紧迫的研究计划上。

    对日作战胜利日后一周，鲍林出现在在纽约的韦弗办公室里，这次他对自己先前提出的蛋白质研究的宏伟计划作了更大的扩充。他提出要建造两幢新大楼，装备最新最昂贵的仪器——ph值测定仪，超速离心器，电子显微镜和电泳机，还要配备细菌学、药物学、酶化学和基础结构化学等学科的研究人员。鲍林说，只有在众多前沿领域集中全部力量同时攻关才能解决蛋白质结构问题，而加州理工学院是开展这项研究的合适地点。韦弗终于被鲍林的推销高调打动了。他认识到，鲍林吸收生物。医学和化学诸学科众多专家参与多学科交叉的研究计划，将产生一个至今从未有过的新机构：“事实上，”韦弗指出，“这将是一个分子生物学院。”尽管所需的款项现在翻了好多番——两百万美元的建筑费用以及15年内大约六百万美元的研究费用，韦弗还是对这个计划产生了“浓厚而广泛的兴趣”。

    除了经费，还有另外一个问题。鲍林的计划是建立在理工学院化学系和生物系有着紧密联系这一前提之下的。而当时生物系的运转却出现了困难。自从系主任摩尔根退休以后；他长时期的副手阿尔弗雷德·斯托特范执掌了系的领导。此人是一位优秀的科学家，但缺乏行政管理能力，并且不善与人相处。鲍林这样描述他：“我想他对果蝇的兴趣超过了他对系里任何人的兴趣。”于是，在摩尔根离开后，生物系不仅失去了一个主心骨，而且流失了一批最优秀的青年研究人员。

    和韦弗会谈以后，鲍林清楚地认识到，他的宏伟计划的关键在于能否把生物系支撑住。他知道该怎么做，而且已拥有足够的权力做到这一点。

    从1944年中到1946年中的两年间，鲍林在加州理工学院担任了重要职务。当时校长密立根已近八十高龄，差不多变成了科学界的一个老古董。他的存在代表着科学机构是为某一类人所独占的象牙塔的时代。战争改变了时代，而密立根的观念却依然如故。战争结束后，他仍然呼吁政府增加对科学“集体主义运动”的支持，公开反对聘任奥本海默，认为这样会使理工学院又增加一个犹太教师。密立根变成了一个受人讨厌的人。精干机敏的校董会主席佩奇终于在19M年领导了一次“宫廷政变”，剥夺了校长大部分的决策权。1945年夏季，密立根在无奈之中下了台。鲍林认为这是一件谢天谢地的大好事。

    找到一位新校长并获得批准需要一年时间。在此期间，学校由佩奇和一个经过扩充的由教授和董事组成的执行委员会管理。托尔曼本来应该作为化学系的代表加入执委会，但他喜欢呆在华盛顿作几内瓦·布什的高级顾问，一直到1947年才回到西部来。这样，鲍林就顺理成章地被提名为执委会中五个教授成员之一，并且很快变成最有影响力的一个委员。鲍林的战时科研成果丰硕；随着密立根的离去，已很少有人提起鲍林在诺伊斯去世前后的那段不良表现。同时，鲍林在科研界的声望蒸蒸日上。一方面，几乎无人了解他在人造抗体研究方面的糟糕情况，另一方面，他在研究火箭推进剂和发射火药方面的成果却在理工学院内尽人皆知。此外，他与洛克菲勒基金会的关系密切，在他的领导下，化学系在战争期间获得了大批资助，人员大量增加，因而士气旺盛。与此相反，生物系由于不景气