基本概念过于深奥而使很多化学家望而却步，也不仅是因为他把这些概念包装得过于生僻而使人难以读懂（他用希腊字母来表示分子轨道，还带着复杂的上标和下标），而且还因为他是一个蹩脚的信息传播者——太精确，太数学化，太多的严格性，以致使他的理论变得十分枯燥乏味。在芝加哥大学，他讲课的效果极差，使化学系的学生感到厌倦。他的深邃的洞察力被笼罩在艰涩阴沉的理论迷雾中，使人摸不着头脑。他的论文大多数发表在与物理有关的杂志上，是很难读懂的。

    在许多年里，马利肯只能眼巴巴地看着那么多荣誉和奖励落到鲍林的头上。他看到，鲍林发表于30年代的一系列关于“化学键的本质”的论文被盛赞为革命性成果，而他自己于同一时期发表的14篇系列文章“多原子分子的电子结构与价”却无人问津。他看到，鲍林讲课时教室里人满为患，而学生们对他却避而远之。他看到，给鲍林的邀请和荣誉一个接一个，而他自己却只能呆在芝加哥大学做一个辛辛苦苦的教书匠。

    使马利肯感到特别恼怒的是，鲍林蔑视他的理论。鲍林倒并不认为他的理论是错误的——斯莱特和鲍林早在1931年就肯定价键理论和分子轨道理论都是对波动方程的很好的近似，假如深入研究下去，将推导出同样的结论；而且鲍林本人在自己早期的几篇论文里还采用了分子轨道理论的有关概念——但是鲍林却坚持主张，他的价键理论对化学家更实用且更适合于教学。“有一种理论已经足够了，”鲍林写道，“分子轨道只能把学生搞糊涂。”在他1935年出版的《量子力学导论》一书中，他用了相当大的篇幅论述价键理论，而只写了一小段文字把分子轨道理论一带而过。在《化学键的本质》一书中，他对马利肯的理论更只是顺便提了一句。

    而马利肯却发现，风行一时的鲍林价键理论正在起着破坏作用。“鲍林是个演员，”他说，“他千方百计把每样事情都讲得通俗简单，这使他的理论在化学家中倍受欢迎；殊不知这样做的结果是使人们放弃了对事物的深入理解……他教给化学家非常粗略的概念并使他们自我满足，从而阻碍他们去做出更好的结果。”

    在整个30年代，鲍林利用自己出色的演技将价键理论推上了唯我独尊的地位。但是到了40年代后期，越来越多的化学家开始学习马利肯的理论。主要由于鲍林的工作，这时量子化学已经走出了初期的普及阶段，在名牌大学学习的化学系高年级学生希望学习量子力学基础和更多的数学知识，以便在未来的化学研究中取得更好的成果。新一代化学家学到的知识越多，他们就越不需要鲍林的简化方法。他们渴望掌握这一领域中更加定量化的、不依赖于直观的理论。他们在马利肯的分子轨道理论中找到了所需的东西。

    有些事情真像风水轮回，成败难料。举例说，在30年代，对氢分子用分子轨道方法进行分析时，比用价键方法可得出更精确的键长，却只能得出较差的离解常数。但现在人们逐渐看清，经过改进的分子轨道方法是研究复杂分子的更加有效的工具。人们开始公开批评鲍林的价键理论的某些概念，比如电子负电能级的概念。有些批评者说，这一概念虽然在很多场合是一种实用的工具，但是它缺乏坚实的理论基础，用来处理矿物元素时更不可靠。他们还批评鲍林用共振体来解释分子性质的方法。在实践中，这种方法依赖于选取若干个恰当的初始结构——即所谓的正则结构——在它们之间形成共振，然后再恰当地权衡每个共振体的贡献得出最后的结果。一般来说，分子越大，包含的原子越多，那么解释分子性质所需要的正则结构的数量就越多。鲍林具有超常的化学直觉能力，常常能得到恰当的共振体，但其他化学家就得不出，鲍林的一个学生韦兰特（他曾成功地应用价键理论进行有机化学的研究）走得更远，他引入一种所