也未申请联邦资助。根据9835号行政命令，在私立大学工作的研究人员不属于审查范围。

    但是，当鲍林抵达伦敦之后，情况立即起了变化。美国海军研究处助理武官办公室的代表拜访了鲍林。这位年轻的军官告诉鲍林，为了国家利益，美国的科学研究必须与英国并驾齐驱。假如鲍林能够告知海军他对访问过的英国实验室的印象，那将是很有用的。这位军官还说，这不是窃取情报，也不存在辜负对方信任的问题。鲍林所要做的只是告知他对英国科学现状的一般印象而已。作为对他履行政府顾问职能的口报，他们将付给鲍林每天20美元的酬金，鲍林只要在一份合同上签个字。然而，从鲍林签字的那一刻起，他就被列入了效忠审查的范围之内，联邦调查局立即开始调查他的政治历史。

    由于鲍林对自己参加过的任何组织都不加保密，因此联邦调查局进行调查十分容易。特工人员查阅了有关档案，找到了一份1947年调查人员与鲍林进行谈话的记录，那次谈话的内容涉及到另一位被怀疑有自由主义背景的科学家奥本海默的忠诚情况。鲍林在谈话中称自己是奥本海默的“亲密朋友”，他告诉调查局说，奥本海默是一个“脾气多变、性格复杂而又绝顶聪明”的人，他本人毫不怀疑奥本海默对美国的忠诚。谈话随后进入有关奥本海默的政治活动。鲍林详细讲述了自己与帕萨迪纳科学家协会，与艺术、科学和专业人士独立公民委员会，与美国进步公民组织的联系，还谈了自己对华莱士的支持。在这份谈话记录中，调查人员加了这样的评论：秘密渠道称艺术、科学和专业人士独立公民委员会好莱坞分会是“加利福尼亚共产党的一个主要的政治和宣传组织”，而且称帕萨迪纳科学家协会内共产党员和共产党阵线的活动分子十分活跃。

    联邦调查局从众议院非美活动调查委员会借阅了鲍林的档案，发现档案内有很多《工人日报》和其他共产党报纸的剪报，在这些剪报内“无数次地引用了”鲍林关于原子弹政策和人权问题的讲话。他们认为这些活动都很可疑，但是按照效忠法案的规定，鲍林唯一的非法活动是在战时与美苏友好全国委员会关系密切。这个组织一直被列入司法部长掌握的黑名单之中。

    尽管材料不多，却已足以使胡佛下令对鲍林进行全面调查。他要求海军情报局跟踪鲍林在英国的活动，下令联邦调查局特工查阅警察局档案和信用档案，对鲍林在伯克利和康奈尔逗留期间的有关人员进行访谈。他还让联邦调查局洛杉矶分局协调在帕萨迪纳进行的调查。特工人员对鲍林的同事、邻居和加州理工学院的行政官员进行了询问，还获准查阅鲍林在理工学院的私人档案。

    但是他们没有发现任何东西。他们访谈的每一个人都毫无保留地肯定鲍林对国家的忠诚。他的同事们说，尽管鲍林“毫不隐瞒自己的见解”，是“一个参与者”和“主张自由表达信仰的理想主义者”，他却肯定不是共产党。他们所能告诉调查人员的关于鲍林的最坏的评价是他“好表现自己”，是一个“夸夸其谈的知识分子”。洛杉矶分局进行的调查一直延续到1948年的夏季尚无定论，这使胡佛失去了耐心。他打来电报指责关于鲍林的调查是“本局所进行的最为拖拉的忠诚调查之一”。9月10日，一份长达27页的调查报告终于完成了，到10月14日，胡佛将此报告递交给了公务员委员会以采取进一步的行动。

    胡佛迟了一步。鲍林与海军的合同已于9月1日到期，因此他不再受9835号行政命令的约束。另外，此时众议院非美活动调查委员会的负责人托马斯已经去职，他被指控犯有冒领工资罪而于1948年大选后不久被判刑入狱。这个委员会一直在寻找一个有地位的科学家作为攻击目标，要是托马斯不离职的话，根据联邦调查局对鲍林的调查报告，它本来很可能对鲍林进行一次公开