，他在美国士兵正在朝鲜战场上前赴后继的时候为共产主义辩护。尽管他能够处理那些接踵而至的杭议信——在战后的日裔美国人事件后他不时地会收到此类奇怪的信件——但是接着发生了一桩令他困惑的事情。伊莱·莉莉医药公司给他写来一封信，这是一家鲍林在1946年开始提供咨询的公司。1949年，这家公司与鲍林续签了三年合约，将他的年费提高到4800美元。相对于鲍林有限的咨询而言，这是一笔不小的收入，但公司称鲍林“杰出的服务”使他当之无愧。现在仅仅一年之后，他们来信告诉他合同被取消了。鲍林说，“信中没有给出任何理由，但是后来，前研究部主任、当时的研究部主任助理告诉我取消的原因是由于我的政治活动，如果我能够宣布在未来不参加任何政治活动的话，合同有可能得以恢复。”

    鲍林的政治倾向殃及他的科学研究工作，上述事件并不是唯一的例子。同年，海军研究局化学部主任邀请鲍林主持一个委员会，评价海军研究局资助的化学研究项目的进展情况，并帮助制定新的研究方向。这是一个具有相当威望的职位。然而海军研究局驻帕萨迪纳的主管获悉这一邀请之后提出了强烈抗议，他队海军研究局和联邦调查局档案中收集材料，给上级送去了一份有关鲍林参加共产党阵线组织的十点报告。“让一个忠诚度有疑问的人来主持这个海军研究局委员会的工作实在令人难以接受，”这位主管写道，不仅是因为有泄密的可能，而且如果国会经过调查发现海军提名一个“共产党同情者”出任一个敏感职位的话，将会把海军研究局置于一个“非常尴尬的境地”。化学部主任被弄得狼狈不堪，被迫收回了邀请。

    加州理工学院的内部调查持续了整个秋天。鲍林夫妇试图保持往常那样的平静生活，但是越来越困难了。鲍林在自己的分子结构和最近刚刚修正的蛋白质模型中寻求解脱。他和爱娃继续参加教师的聚会。他们大多数的朋友对这种政治压力不以为然，试图帮助鲍林夫妇坦然置之，但是也有一些教师表现出冷淡，而且情况越来越糟。当怀恩巴姆被认定犯有伪证罪而坐牢之后，鲍林注意到人们在与他擦肩而过时总是避开他的目光，疏远他，特别是在进行内部调查的时候。鲍林属于熟人很多但是密友很少的人；他需要同事的喜欢和尊敬。当他看到他们都在躲避自己的时候，内心受到了莫大的伤害。

    被自己的学校调查的压力，抗议信件，失去伊莱·莉莉公司的合约，校园中的敌意，所有这一切都开始郁积起来。鲍林在公开场合从未流露出他的忧虑，但是爱娃知道她的丈夫正在承受着巨大的压力。她本人也同样如此。在遭麦卡锡指控后不久，鲍林以前一个友好的学生在茶话会上询问鲍林的近况。爱娃一时失去了自制，眼眶中充满了泪花。“我不知道我的丈夫还能坚持多久，”她说。

    内部调查终于在那年秋天结束了。两个委员会都没有发现鲍林参加共产党或是违法乱纪的任何证据。尽管一些董事强烈坚持开除鲍林，教师委员会最终仍决定留下鲍林，说在没有任何证据的情况下开除鲍林不仅将使学校失去一位世界一流的化学家，还将使学校在全世界的科学家面前丢脸。在杜布里奇看来，这次调查是一个成功：既释放了保守的校董们的怒气，又使他能够理直气壮地为鲍林辩护。当他又收到一封信，质问他为什么不把鲍林和其他赤色分子从学校中清除出去的时候，杜布里奇解释说，鲍林的罪名已经被洗刷清楚了，他还加上一句说，“我希望在这个国家中，一个人不会因为他的政治信仰不随大流而遭到迫害。”

    让他认识自己的错误

    然而这个国家已经今非昔比——即便鲍林不承认这一点。整个50年代，他继续着自己的政治活动，好像什么也没有发生一样：他筹款为怀恩巴姆辩护（尽管在怀恩巴姆受审的大部分时间里他都不在城里