真的计算，表明处于中心位置的氧实际上挨得太近，无法装配在一起。12月初，鲍林重新开始扭曲和挤压这个磷酸八面体。有人向他提了这样一个问题，也就是利用他这个模型，怎样才能创造出一个DNA的钠盐，其中带正电的钠离子像设想的那样依附在带负电的磷酸上。在他这个挤压得严严实实的核中，已经没有钠盐的容身之处，是不是？鲍林不得不承认，他无法找到适当的方式来装入这些离子，不过，他以后会把思路理得更清楚。除了这一点以外，其他结果还是应当肯定的。利用克里克的数学公式对这一设想的结构作计算，可以表明，他这个螺旋模型与大多数Ｘ光数据是符合的。当然，并不是所有数据都符合。舒梅克也独立地尝试了一些模型，而且还找到了一种扭曲磷酸多面体的方法，使其中的磷酸不那么拥挤，但是，鲍林一时也找不到理由改变他的想法。处于核心的磷酸天衣无缝地团聚在一起，不可能不正确。

    在鲍林的头脑中，其中心问题在本质上可以归结为涉及到磷酸结构化学特性的问题。他想，DNA的生物学意义以后一定会搞清楚；要是结构是正确的，那么生物学上的重要性自然会通过某种方式体现出来。在这一点上，他的任务是弄清楚结构，而不是明确其功能。因此，他没有考虑在分子附近的较大范围内具体的情况，而把全部心思集中在一件事情上：寻求一种方法将那些磷酸放置到分子的中心部位，并且要保证由此得到的螺旋能符合现有的数据。

    他在阿尔法螺旋问题上取得了成功，因此他深信自己的研究方法是正确的。他曾经用严格的化学原理建造了蛋白质螺旋结构，并且面对矛盾的数据发表了这一个结果，只是在后来才找到需要的事实来回答批评他的人。现在，他也相信自己有能力冲到这类人的前面，运用他在化学方面的深厚功力，挑选一种直观上一看就是正确的结构。如果你想耐心地等待，直到每一个疑团都解开，那么你永远也别想人家会承认你作出的任何发现。况且，他感到自己设想的三螺旋结构是正确的。

    圣诞节前一个星期，他致函剑桥的托德说：“我们相信，我们已经发现了核酸的结构。实际上，我已确信无疑……这是一种非常美丽的结构。”鲍林知道，托德是对一种经过提纯的核酸进行研究的，因此他请求托德寄一些样品给他作Ｘ射线分析。一科里博士和我本人都深感不安，至今尚无一篇报道，说明已有人精确测定过任何一种核苷酸的结构。我们已经认识到，有必要在我们的实验室里进行一些结构测定的工作。我知道，卡文迪什的学者们正在进行这一方面的研究，不过，这是一个十分庞大的领域，我们不能指望他们把一切事情全都包下来。”然后，鲍林又写信给儿子彼得，写信给多诺胡，称他希望不久就能完成一篇有关核酸的简短论文。

    但是，这一种结构仍然是不够正确的。科里又重新作了一系列计算，发现磷酸相互挤压得太厉害，相应的原子之间换得太近，因而是不合情理的。鲍林打算对这种结构再作些调整和修补，有些地方要变一变，另一些地方则要压一压，争取离答案近一些，不过仍然无法达到完美无缺的地步。

    正当鲍林为DNA结构一筹莫展的时候，又发生了另一件令人心烦的事情。12月23日，联邦调查局专职密探、国会调查委员会的心腹布登兹，在众议院的一个调查慈善基金会情况的特别委员会会议上公开作证，称鲍林作为古根海姆基金会顾问委员会的一员，是一名未公开身份的共产党员。布登兹还怕人家说他不够卖力，居然抖落出各种不同团体原23名担保人和3名官员的名字。这些人和鲍林一样，与共产主义毫不相干。布登兹的证词自然会激怒许多与一些强大的基金会有密切联系的显要人物，最终将会使人们对麦卡锡主义产生强烈的不满。但是，在短期内，宣布这一消息的时间——圣延节前两天，也