信他是一个左派。50年代初，联邦调查局整理了一份档案材料，放在档案架上厚达十英尺。这些材料详细地记载了奥本海默对共产党人的同情、交往和友好情感。虽然其中决无他充当间谍之嫌疑，但有证据表明，他在不同场合曾经隐瞒事实真相或当面撒谎，将自己打扮成一个遵纪守法的人，而不是像调查他的人所说的那样，是一个“心胸不够坦荡的人”。要是奥本海默是一个普通的平民百姓，或者是一位科学家手下的无名小卒，他可能早在几年以前就被逐出门外，不让他参与机密工作了。然而，他是一位大名鼎鼎的科学家，对国家的重大项目来说是一个举足轻重的人物，自然不可等闲视之。因此，尽管他表现欠佳，多年来仍一直有资格查阅任何级别的机密资料——但是，艾森豪威尔上台以后，情况发生了变化。

    在这种情况下竟然公开羞辱奥本海默，似乎是荒唐可笑的。在鲍林看来，这完全是出乎政治上的需要。奥本海默已被看作为研制更多威力更大的炸弹的一个障碍。奥本海默为自己作了辩解，整个事件也就演变为一场全国性的争论。鲍林和几十名科学家一起，纷纷挺身而出，为奥本海默辩护。鲍林在政治上又开始大声疾呼，他写了一篇慷慨激昂的短文，刊载在1954年五一节的《国家报》上。“将罗伯特·奥本海默博士视作安全的危险而禁止他参与机密工作……实属美国政府的一次很不光彩的行动，”他这样写道。“任何一位头脑正常的人，只要考察一下实际情况，就一定能得出结论：奥本海默是一位忠诚而又爱国的美国人。原子能委员会的达官贵人也一定能得到这一结论，艾森豪威尔总统本人也不应例外。照此看来，我们不得不认为，政府最近采取的这次行动是政治谋划的结果——奥本海默博士则成了为政治所抛弃的牺牲品。”接下去，鲍林敦促美国领导一场有多方面参加的科学和政治探索，寻求“一种实际可行的方案来替代原子能野蛮时代的疯狂行为。”

    那个月晚些时候，奥本海默最终还是被剥夺了参与机密工作的资格。

    对科学家来说，此案是杀鸡儆猴，警告他们要安分守己。然而鲍林可不买这个账。“两年来，在政治行动方面，我一直严格克制自己，”他在给一位朋友的信中这样写道，这位朋友曾赞扬他在《国家报》上发表的那篇文章。“我算是看透了！将话憋在心里不说，不但是错误的，而且也不值得。”

    鲍林又回到了政治的漩涡中。新的“超级炸弹”以及伴随产生的放射性尘埃，成了他一系列演说的首要话题；与此密切有关的另一中心议题就是奥本海默一案及其对科学自由的影响。6月，鲍林的女儿在俄勒冈里德学院毕业，鲍林在该院举行的毕业典礼上发表演说，严厉抨击华盛顿在奥本海默案中“无法正常思考”。鲍林对与会的毕业生及其家长说，“你们必须永远追求真理。客观真理不会屈从于主观认识。你的邻居与你的看法相左，你得服从真理；一个国家发表了某一声明，另一个国家却一声不吭，你同样也得追求真理。”

    在放射性尘埃问题上，全国范围内的争论日趋激烈，追求真理的任务似乎也愈益艰难。原子能委员会在其新任主席刘易斯·斯特劳斯的领导下，执意压下了有关资料，不肯向外界透露放射性尘埃的污染程度和有害后果，意欲表明核弹试验计划至关重要而又非常安全。因此，问题更加扑朔迷离，以致在1954年春夏两季这段相当长的时间里，几乎谁也讲不清楚放射性尘埃到底会产生怎样的影响。在无过硬证据的情况下，种种猜测应运而生，人们议论纷纷。鲍林像往常一样，开始广泛涉猎能够找到的有关资料并作综合分析。放射性尘埃产生的影响逐渐在他的头脑中形成一幅骇人听闻的图景。在自然界原本存在以及在医疗过程中产牛的放射源——包括地球上的放射性元素、Ｘ射线和宇宙射线——是放射性现象的“基底”