很快就有人起来贬低鲍林的请愿，并对请愿书作者散布怀疑情绪。请愿书正式发表后几天，艾森豪威尔在一次记者招待会上告诉记者：“我已注意到，有许多例子表明，有些科学家似乎喜欢离开自己内行的专业领域，参与这场有关核试验的争论，看来，很像是一次有组织的事件。”美国报刊的保守派专栏作家和负责撰写社论的编辑非常敏感，‘有组织的事件”就意味着“受到共产党的驱使”。格罗夫斯将军谈到鲍林的专业时说：“除了他获得过一次诺贝尔奖以外，我真不知道他心怀何种目的。我决不会请足球教练谈论如何管理一支重要的棒球队。”

    接下来的一步也就可想而知了。非美活动调查委员会在众议院会议上诋毁鲍林为苏联宣传；几天以后，参议院国内安全委员会传唤鲍林，要求他说出请愿书背后有没有共产党组织撑腰。“能有机会在这个问题上帮助我们在华盛顿的一些代表受到一点教育，本人将乐于奉陪，”鲍林这样对记者说道。华盛顿的政治论坛却没有给他这样的机会。与此同时，参议员克林顿·安德逊和林登·约翰逊正式举行原子能问题的联合听证会，他们不希望参议院国内安全委员会主席詹姆士·伊斯特兰德在他们的问题上插手。在安德逊与伊斯特兰德“摊牌”以后，鲍林到国会出庭的事就无限期地拖下去了。