辞职使当初举荐他的朱家骅也非常吃惊，他不明白叶企孙为什么会突然请辞，鉴于叶的强烈要求，朱家骅不得不予以批准。

    关于叶企孙离开中研院的原因，一个中研院同事曾向叶企孙侄女透露过一二，大概有如下几点：

    1.跟傅斯年合不来；

    2.长期脱离教学，不合适；

    3.当初离开昆明时是跟联大请的假，按当时的规定不能超过两年。

    这些同事哪里明白当时叶企孙拂袖而去的真正原因。据说他的离去与朱家骅在中研院推行的政治化有关。他曾说，朱家骅这人不是真心想把中研院办好的，在那里干没意思！叶企孙从来对政治和党派不感兴趣。在中央研究院主编《学术汇刊》的时候，叶企孙曾举荐何成钧当自己的助手。叶企孙发现何成钧对政治非常热衷，经常阅读《新华日报》，一个星期天早上，报纸迟到了，何竟往返几次下楼看报纸来了没有。这使叶企孙有些不满，他对何成钧说：“你好像把天下事都放在心上一样。”

    当时的高级知识分子若出国研究，必须先到国民党办的“中央训练团”受训，受训完毕方能出国学习。有一次，几个在训练团的清华校友来研究院看他，个个穿着训练团的军服，神气活现。等把他们送走之后，叶企孙对身边的何成钧说：“现在的科学家对政治的兴趣太大了。”

    在叶企孙的心里，远离政治的最好办法是重执教鞭，但是，叶企孙的这个决定却使联大的师生们颇感惊讶。1943年，正是昆明最艰难的一年，许多教授吃不饱饭，穿不起衣，只能靠变卖家什度日。而叶企孙在重庆的生活至少可以衣食无忧，舒适安逸。在这个时候，他却为了自己的理想而毅然返校，这非一般的人可比。黄子卿曾对林风说过这样的话：“企孙此人真不错。当年在昆明生活非常艰苦，我卖掉几乎一切东西还不够，一家子几乎饿死，那时企孙在重庆中央研究院当总干事，在重庆不管怎样生活好一些吧，但企孙干了不久就不干了，回到昆明吃苦。”对于叶企孙的回归，梅贻琦自然是求之不得的。他的返校，对于他自己，对于清华，对于联合大学都是一件幸事。