1943年秋季开学的时候，叶企孙重又握起他心爱的教鞭。

    他又回到了昆明北门街联大教职员工宿舍，一间约十多平方米的小房间。与他比邻而居的是陈岱孙和金岳霖。著名的“清华三孙”重又聚首一起，虽然说在同一个屋檐下，但这里却不是北京的三重檐，而是山野的茅草屋。这是西南联大最艰苦的日子。

    抗战时期，国家正处于极度艰困之际，哪里还有资金支持教育？连教授们也因养活不了家庭而不得不放下脸面去做些小生意。梅贻琦校长的夫人韩咏华女士在她的回忆文章《同甘共苦二十年——我所了解的梅贻琦》中曾这样写抗战时期的西南联大：

    抗战时期，不仅学生生活很艰苦，教授们的生活也不宽裕。我们和潘光旦先生两家一起在办事处包饭，经常吃的是白饭拌辣椒，没有青菜，有时吃菠菜豆腐汤，大家就很高兴了。教授们的月薪，在1938年、1939年两年还能够维持3个星期的生活，到后来就只够半个月的了。不足之外，只好由夫人们去想办法，有的绣围巾，有的做帽子，也有的做一些食品，拿出去卖。我年岁比别人大些，视力也不好，只能帮助做做围巾穗子。以后庶务赵世昌先生介绍我做糕点去卖……月涵一向忙于校务，家里人怎样生活，是否挨饿，他全然不知。直到看见我这样狼狈，看到教授的太太们这样疲于奔命维持生活，他才着了急，向重庆政府教育部为大家申请了一些补助。还有一次教育部给了些补助金，补助联大的学生，我们当时有4个子女在联大读书，月涵却不让领补助金。我当时参加了昆明女青年会的活动，大家轮流备饭，一次轮到我备饭时，确实没有钱，就在大西门旁铺了一块油布摆个地摊，把孩子长大以后穿不上的小衣服、毛线头编织的东西以及我自己的衣服等摆上卖，一早上卖了10元钱，总算勉强把这顿饭备上了……1937年9月份起，教师薪资以50元为基数，还要7折发给，再负担一些捐税，实领不过5成左右。1940年1月起，薪资改按十足发放，但从这一年开始了物价暴涨，战前每月实支350元的教授，按当时生活指数折合，实值仅为13.6元。到1943年下半年，联大教授薪资如以战前月薪300元计，则只合战前8.3元了。一月薪资只够半月左右的开支，教师们吃不饱饭，有的甚至每天只能吃一干二稀，多数人不得不兼职谋生。政府虽也发给一点生活补助费，如“平价米贷金”、学术研究补助费、久任教员奖金、教员讲助金等等，但均杯水车薪，无济于事。

    教授们的生活尚且如此，学生的物质生活条件和学习环境就更艰苦了。

    昆明屡遭日寇飞机的轰炸袭扰，联大上课的时间，不得不改为上午7时至10时，下午3时至6时。学校还经常因空袭警报而中断上课，有时甚至使实验半途而废。校舍损坏，雨天无处不漏，学生在图书馆看书也要打伞。

    西南联大学生虞佩曹在她的《回忆昆明西南联大》的文章里这样说：

    想到当年的伙食，眼前又出现了女生食堂的伙房。墙上高高挂着熏黑了的松鼠脯，那当然是大师傅的，锅勺干干净净无一点油星，笸箩里是玻璃弹子大小的土豆，洗的时候搓一搓就算去了皮，盐水一煮就是“菜”，主食是掺了沙子、稗子、石子、老鼠屎、玻璃碴……的“八宝饭”。吃饱了照样上课。男同学食量大就更困难。记得他们曾注意到某位同学，总不见他同去食堂，后来才发现他没有钱交伙食费，待大家吃完了才匆匆赶去，扫尽桌上的残渣剩饭。这令人落泪的事情激发了大家的同情，钦佩他在如此困难的条件下坚持学习的精神。生活如此艰苦，为抗日战士献血时联大同学却蜂拥而来，排成长队。相当多的人因血色素不及格而被淘汰，他们并不顾及自己的体质，却为未能给抗日战士献出一些血而满脸沮丧、遗憾……