1954年秋天，中国科学院成立中国自然科学史研究委员会，并在历史二所内设立科学史组，为建立独立的专业科学史研究机构作准备。自然科学史研究委员会主任由当时中科院副院长竺可桢先生担任，负责全面工作。叶企孙先生和历史学家侯外庐先生为副主任，因侯先生忙于已往的研究，管事很少，这样一来，委员会的具体工作就落在了叶企孙的身上。

    从领导岗位退下来，叶企孙似并无不适。他每周有两天到历史所上班，上班的时候，他要比去学校上课时间提前一小时。他在北大校门口乘公共汽车，到了动物园后，再换乘去东城的公共汽车，有座无座，他倒不在乎，他在乎的是一定要按时走进历史研究所上班的人流中。他这时已经56岁。他三十多岁的时候就已经有了私人小汽车，那时在清华应该算头一份，他那时的月薪400多元，在教职员中也是数一数二，折合现在的人民币该有四五万元，因为没有家室之累，手头就显得宽绰，即使是校长梅贻琦，因子女甚多，也没有他生活优越。七七事变之后，他把小汽车卖了，在天津的时候又把这些钱捐给了冀中。解放后他的工资也有四百多元，甚至比当时的国家主席毛泽东的工资还高。现在年纪大了，本来应该有车的时候却倒了个儿，但他似乎并没有在意这些，而且往深处想想，没车竟有诸多的好处。

    这是个变化。

    他认为这是改造思想的结果。

    在没来北大之前，他认为清华的思想改造运动应该算是“波澜壮阔”了，但到了北大之后，才知道是井蛙之见。北大在思想改造运动时，马寅初曾给周总理写信，特聘毛主席、周总理、朱德总司令等十人为北大政治学习的辅导老师，毛泽东还夸奖说“这种学习很好”，可见北大“洗澡”颇得要领。紧接着的“忠诚老实”运动，北大也搞得有声有色，连一些人曾“当过宪兵一个月”这样的历史问题都被挖了出来，可见运动之力度。不仅如此，因为“要学习苏联先进经验”，北大开始聘请一批苏联专家教授，在教材上推大苏联教本，在全校232种教材中，苏联教本52种，占1/5还多。文学所已开始批判胡适派资产阶级唯心主义思想，中文系已开始批判俞平伯研究的错误观点。哲学系召开报告会，庆祝斯大林《马克思主义与语言学问题》出版。校领导在会上这样说：“要促进科学的发展，必须在学术界清除资产阶级思想，保证科学在马列主义的思想指导下向着正确的方向发展。”（《北京大学纪事》，北京大学出版社1998年版，第486页）

    在这样的环境里，叶企孙既释然又惑然。一方面，他真的认为自己确实有需要改造的地方，就像有人说的“洗澡”，之所以“洗”，是身上有灰，有泥，有新陈代谢的分泌物，洗一洗，搓一搓，水一冲，干干净净，清爽透亮，轻装上阵，没什么不好。抱着这样的心理，也抱着接受新生事物的态度，他真的是严于律己，真的认为自己是有“原罪”的，他是真的搞批评联系实际，联系自己的。

    比如每天这样坐公共汽车上下班，从西郊到东城，松动一下筋骨，舒缓一下心情，换换背景，接近一下人民群众，体察一下老百姓的日常生活，改变一下思想感情，与新中国同心同德共同前进，这是他所乐意和希冀的，他能感觉到自己的适应性像春天的植物般一节节生长，他想他是能进步的。

    让人惑然的是另一方面。为什么空气中总有一种紧张感和不安感？“洗澡”时为什么总喜欢搓泥搓出血？这他就不懂了。如果一个人有病，医生不是为了把他治愈，而是为了把他治死，这是为什么？为什么在人群中有那么多人为地制造出来的不平、冷漠、倾轧、逼仄、促狭、猜疑、嫉恨、仇视、诋毁、虐待，甚至戕害，为什么不能宽松、平静、温润、谦让、礼貌、相爱、安适、美好、诗意及和谐呢？如果说学习