市镇经济的崛起，是明清工商业的一大特征，会馆之盛在这里体现得最为显著。

    广东佛山镇是明末清初发展起来的专业化市镇，以铁器铸造著称，与景德镇、汉口镇、朱仙镇并列为“天下四大镇”，此地的会馆更是发达，呈现出专业化的态势，仅在铸造业，就有熟铁行会馆、炒铁行会馆、新钉行会馆、铁锅行会馆、金丝行会馆、金箔行会馆、土针行会馆等等，其余的各行各业都有会馆组织，如钮扣行会馆、当行会馆、绸缎行会馆、颜料行会馆、洋纸行会馆、西土药材行会馆、参药行会馆等等。这些以行业为主题的会馆已经超出了地域的特征，而更多的带有行业协会的性质，这是一个十分显著的进步。

    自康乾以来，一些地方甚至出现了由产业工人做成的会馆，这是工会组织的雏形。枝巢子在《旧京琐记·市肆》中记载，在京城从事泥瓦和木工的工人有一个“九皇会馆”，这些工人大多是东部蓟州一带的人，有很严密的行规，凡是有徒工的地方，都有会馆，其总会就叫做九皇，每当九皇诞生日，就一定要休假，名叫“关工”。另据史料显示，道光年间，南京丝织业的机匠设立了数十个公所，苏州的踹匠则有自己的踹匠会馆，他们向资方提出了增加工钱的要求（“索添工银”），还拥有自己的育婴堂、普济院，带有鲜明的自助性质。

    在会馆专业化程度最高的佛山，甚至出现了东家行和西家行，前者由业主、作坊主组成，后者则是手工业工人的组织，很多劳资矛盾通过两行的“通行公议”来解决，东家行和西家行还通过共同祭祀的方式来调适双方的关系。

    商人会馆的兴盛，意味着明清商人在组织化程度上已超越前代，其运作模式呈现出非常鲜明的自治特征，是非政府组织（NGO）在中国的最早试验，因此也有人将之视为中国进入近代化的一个重要标志。到了二十世纪初期，随着工业化运动的萌芽，各地商人开始打破地缘局限，组建新的商会组织，会馆商人正是商会筹建的重要组成部分。譬如在1902年，上海创建商业会议公所（两年后改名为上海商务总会，后又更名为上海总商会），在沪的60个会馆就以团体代表的身份集体加入，成为“合帮会员”。

    一个十分耐人寻味的现象是，数以万计的明清会馆在史书上很少有准确而详尽的记载。曾对会馆史做过深入研究的王日根在《乡土之链：明清会馆与社会变迁》一书中便说，商人会馆不同于一般官方的公馆或宾馆，属于民间的自发性组织，故在“正史”中无人论及，即使在明清地方志也都多有缺略。

    会馆在史书上的“缺席”，就如同它的主人们被刻意忽略一样，是中国工商文明的一大特征。