军事活动迁到美国本土或波多黎各的罗斯福海军基地。二○○○年，美军封存关塔那摩基地，结束了其作为大西洋舰队主要训练基地的使命。

    阿富汗战争后，美军在关塔那摩海军基地设立专门关押塔利班战俘和“基地”组织成员的集中营。二○○二年一月，首批塔利班战俘被押抵关塔那摩海军基地。目前，关塔那摩基地内还关押有二百四十五名恐怖嫌疑人。关塔那摩军事法庭自成立以来，因秘密操作、虐囚丑闻和无视被告法律权利而广受批评。在本届美国总统竞选中，奥巴马曾把关闭关塔那摩监狱作为竞选承诺之一。

    〔第一次阿富汗战争〕

    阿富汗自一九一九年独立以来，虽然名义上一直是一个独立的国家，但苏联却不断干预阿富汗的内政。

    一九七三年阿富汗共和国成立后，苏联便支持激进的政党，如阿富汗人民民主党，加紧使阿富汗在经济上依赖苏联，反对同中国有密切关系的巴基斯坦。历届阿富汗政府虽然都曾试图改革，但均因此而告吹。一九七八年，人民民主党激进分子推翻阿富汗政府，暗杀了第一任总统，组织新政府，并由其领导人出任总统，但在一九七九年九月又被总理取代。同年十二月二十七日，苏联人支持的另一名左翼分子巴布拉克·卡尔迈勒在政变中上台。当卡尔迈勒推行俄国化的企图遭到武装反对时，他要求并接受了苏联援助，对反对派进行镇压，导致阿富汗战争的爆发。

    一九七九年十二月二十七日，苏联派遣八万多人的现代化军队，大举侵入阿富汗，原称“阿富汗战争”，史称第一次阿富汗战争。此次苏联入侵阿富汗导致了长达十年的战争，这次入侵被认为是苏联对外政策的重大失败。

    〔第二次阿富汗战争〕

    第二次阿富汗战争是以美国为首的联军在二○○一年十月七日起对阿富汗“基地”组织和塔利班的一场战争，为美国对“九一一”事件的报复，同时也标志着反恐战争的开始。联军官方认为这场战争的目的是逮捕本·拉登等“基地”成员并惩罚塔利班对恐怖分子的支援。

    塔利班在波斯语中是学生的意思，它的大部分成员是阿富汗难民营伊斯兰学校的学生，故又称伊斯兰学生军。它的领导人是毛拉·奥马尔。最初，塔利班总共只有八百人，因此许多人对其不以为然。但是该派别高举铲除军阀、重建国家的旗帜，而且纪律严明、作战勇敢，并提出反对腐败、恢复商业的主张，因此深得阿富汗平民的支持和拥戴。

    一九九五年五月至六月间，塔利班发动了代号为“进军喀布尔”的战役，很快便控制了阿富汗近百分之四十的地区。塔利班乘胜向喀布尔发起全面攻击。同年九月二十六日，占领了电台、电视台与总统府。此时，塔利班已经全面控制了首都，之后控制了包括首都喀布尔在内的全国百分之九十以上的领土，而反塔利班联盟中唯一具有与塔利班正面对抗能力的，只剩下马苏德一派。

    掌权后的塔利班声称要建立世界上最纯洁的伊斯兰国家，但执政以来对国家重建并无明显建树，经济每况愈下，加上疾病流行，使它得到的支持度逐渐下降。

    一九九六年至二○○一年，塔利班在阿富汗建立全国性政权，正式名称为阿富汗伊斯兰酋长国。

    二○○一年“九一一”事件后，在美国的军事打击下，塔利班政权垮台，一些残余势力转入山区，此后其长期隐藏于山区中。从二○○六年开始通过鸦片东山再起，并从北约手中夺回阿富汗南部地区，二○○七年因绑架并杀害韩国人质再次闻名。