援，终因寡不敌众而败溃。不久蜀地尽陷。秦良玉这时召集其部将，慷慨语众曰：“吾兄弟皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩三十余年，今不幸至此，岂敢以余年事逆贼哉。”说罢，乃决定分兵守四境要隘，对手下将领曰：“有从贼者，族无赦。”其部将都听其约束，各把守关隘，形成了石柱的一统割据局面。张献忠虽占全川，又铸金印，遍招土司，却无一处响应，敢侵犯石柱，川中来石柱避乱者摩踵相接。又过不久，李自成率军攻陷北京，明崇祯帝在景山自缢，消息传来，秦良玉乃知明朝气数已绝，虽悲恸一时，却已无可奈何。其子马祥麟接着又患病逝去，秦良玉自此更加抑郁不已。至戍子年，秦良玉病卧不起，临死时，她将孙子马万年、马万春等招至榻前吩咐曰：“我死贼来，若曹不能拒，城东万寿山上平下险，我近积火药粮草于其上，汝率兵民往避之犹可活，此地生灵也。至董戒士卒务在法律严明，守御慎密，贵在和协众志。”言毕，溘然而逝。其寿七十有五。孙子马万年、马万春等将其葬在城东十五里地之回龙山，其墓碑上镌明忠贞侯太子太保，官爵在都督总兵之上。

    秦良玉死后，马万年当了石柱土司，在十年时间里，仍安居独统一方。后来世局再乱，马万年遵其祖母秦夫人的嘱咐，率万余人避居万寿山。不久，朱容藩占据石柱，围攻万寿山月余未克，时涪州李占春提兵来援，乃将朱容藩追至郧阳诛灭。清顺治十六年，石柱土司向清朝廷投诚。继而遭吴三桂之变。石柱附近流寇土豪四起，马万年率部仍屯守万寿山，并多次击溃进犯来敌，直到清兵入川占领全境，石柱地方仍被朝廷封为宣慰使司，马万年始得回署修理残局。石柱马氏入清朝后又承袭了数代土司，到乾隆二十六年才改设流官。在马氏土司前后十七代的历史中，秦良玉可算是最为出色的一代土司掌门人。她的传奇经历，经权威的二十五史之《明史》记载后，已经熠熠生辉并将永远流传不朽。