在此之前，金门岛驻军很少，仅有少数从吴淞要塞撤退下来的部分官兵。

    第二十二兵团所辖第五军一六六师已在厦门基本被歼，剩下的军部和二零零师约3000守小金门。9月3日，二十五军军长沈向奎率第四十师、四十五师，由泉州进驻金门，归属二十二兵团司令官李良荣指挥。第二十五军的老军长是黄伯韬，此人是在淮海战役中以战死沙场为蒋效忠的高级将领。黄不是黄埔学生，但蒋介石十分器重他。为此黄对蒋忠心耿耿。黄生前是可以不用通报，直接进入蒋介石官邪的少数幕僚之一。在淮海战役陈官庄一役，黄的第二十五军被人民解放军全歼。蒋介石念及黄伯韬的忠心，决定在福建重建该军。不久该军在福州一役中再度被解放军基本歼灭，残部逃至金门缩编成第一一八团。此后国民党空军又将机场警卫部队改编成两个师即四十、四十五筛，从台湾调到金门。同一日，八十军二零一师师部和六零一团、六零二团也到达金门，归属二十五军指挥。此师是蒋经国的“青年军”，是抗日战争末期一部分知识青年响应蒋介石“十万青年十万兵”而组建起来的。此师文化素质较高，军政素质较差，被戏称为“好看不好用”的部队。

    此外在金门还有一支装甲部队，即国民党军战车第三营、第一营的两个连，近400人。该营初建于1949年初，其成员主要是从双堆集包围圈和华北战场上逃回的装甲兵人员。该营组建后曾在台湾训练了半年，9月中旬运抵金门，是一支担负反登陆作战的重要力量。

    担任此次攻打金门任务的是第十兵团第二十八军和第二十九军八十五师。

    厦门解放以后，我第十兵团司令员叶飞应厦门市委的请求，率兵团部由同安渡海进驻厦门，协助厦门市委主持接管工作。当时厦门粮食、燃料十分缺乏，叶飞进驻厦门后，立即责成兵团后勤部在10月底以前，筹措大米400万斤，柴草600万斤，以保证部队和厦门市民的生活供应，攻击金门的战斗于是交给第二十八军前指执行。

    这一计划或许有其正确的一面，但事后表明，这一决定是金门之战失利的原因之一。素有“常胜将军”、“小叶挺”之称的叶飞，正是由于被繁杂的地方工作牵制了大部分精力，没能像过去历次战役一样，亲自分析、检查、准备金门之战，而且此时被一连串的胜利激励着的叶飞，也同整个兵团一样，轻视金门之战。叶飞认为：厦门是敌人有永久性设防工事的要塞，守军是汤恩伯集团，兵力充足，又有海空支援，已被我军攻克了；而金门不过弹丸之地，又没什么坚固工事，守军名义上是一个兵团，实际上只不过是两万残兵败将，我以一个主力军和二十九军两个主力团攻打金门，绰绰有余了。在轻敌思想支配下，叶飞对金门之战准备工作过问不够详细。

    由第二十八军主攻金门早在预定作战方案中就定下来的。第二十八军的前身是1947年4月组建的华东野战军第十纵队。该军是山东部队，没有海岛登陆作战经验。

    由于第二十八军军长朱绍清、政委陈美藻均因病留在福州治疗休养，因此，攻打金门的指挥官便是第二十八军副军长萧锋和军政治部主任李曼村。

    萧锋，时年仅33岁，作为我军的优秀指挥员，萧锋堪称是一位能征善战的勇将，足智多谋的儒将。在土地革命时期，萧锋担任过江西省万太县游击队分队长，太和县游击大队队长，万太独立团团长，少共信丰、南康、南雄地委工委组织部长兼代理书记，红军总政治部组织干事，红一军团第一师三团总支书记、政治委员。1932年进入中央苏区第一期列宁团校，随后即转中央马克思主义大学第一期高级班学习。在第五次反“围剿”的作战中及红军战略转移，进行举世闻名的二万五千里长征中，他作为一名红军团级指挥员，跟随红军军部行军，肩负着保卫中央机关安全