于他的死因问题有种种猜测，曹丕在《典论》这篇谈论文艺和哲学问题的学术著作中专门把跟荀闲谈这样的事也写进来，多少有点刻意之嫌。曹丕也许想告诉大家，荀确实是生病死的，关于他死因的种种传闻都不可靠。

    曹操很快率大军推进到长江边上的濡须口一带，此时荀因病留在了寿春，在这里他的健康状况迅速恶化，最终病逝于寿春，这一年他正好五十岁。

    《三国志》说荀的死因主要是有病，心情郁闷也是原因之一（以忧薨），但《魏氏春秋》一书却认为他是自杀。据《魏氏春秋》记载，曹操这时赠给荀一些吃的东西，荀打开后发现里面是空的，荀感到这是曹操在暗示自己什么，于是喝毒药自杀了（太祖馈食，发之乃空器也，於是饮药而卒）。

    《别传》也暗示荀是自杀的，称荀临死前，曾把与自己有关的重要文件都烧了，因此他曾经提出过的许多奇策密谋都不为人所知（自为尚书令，常以书陈事，临薨，皆焚毁之，故奇策密谋不得尽闻也）。

    《献帝春秋》却另有新解，它认为荀之死与即将被暴光的伏皇后事件有关，通常认为这件事是一年多以后才被发现的，但《献帝春秋》认为曹操早就知情，并且荀也牵扯其中。

    董承和董贵人被杀后，伏皇后写了一封言辞激烈的信给自己的父亲伏完，让伏完联络一些人除掉曹操。伏完找到了荀，荀看完后觉得事情很严重，他没有作任何表示，但也没有向曹操报告（完得书以示，恶之，久隐而不言）。

    伏完联络的人里还有自己的妻弟樊普，樊普害怕事后被诛连，就把这封信交给了曹操。曹操心里有了防备，但没有立即挑明。荀后来感觉事情泄露了，担心曹操追究，就想办法给自己解套。当时曹操刚把自己的三个女儿送到宫中，成为献帝的贵人，荀于是主动跑到邺县，劝曹操另立自己的女儿为皇后。

    曹操有点吃惊：“现在朝廷有伏皇后，我的女儿能配给皇上，只是因为我那一点微不足道的功劳而已，怎能有更进一步的奢望（吾女何得以配上，吾以微功见录，位为宰相，岂复赖女宠乎）？”

    荀说：“伏皇没有儿子，性情凶险恶毒，以前还给她父亲写信，说了些大逆不道的话，因此应该废掉她（后无子，性又凶邪，往常与父书，言辞丑恶，可因此废也）。”

    曹操说：“这件事以前怎么没听你说过？”荀假装惊讶地说：“我前面向您报告过了呀（昔已尝为公言也）。”荀想打个马虎眼混过去，哪成想曹操很认真，说：“这难道是小事吗，我怎会忘记？”荀装着又想了想说：“确实没有报告过，可能是当初您在官渡与袁绍相拒时，不想打扰您，所以没有说。”

    如果曹操明白了荀是在为自己圆场，应该装个糊涂就过去了，但曹操并不想给荀这个面子，他继续追问：“官渡之战以后为什么不报告（官渡事后何以不言）？”问得荀无言以对，只有不停地检讨自己（无对，谢阙而已）。

    《献帝春秋》认为，这才是曹操与荀二人关系的转折点，此后曹操心里对荀产生了严重不满，只是表面上包容他而已（太祖以此恨，而外含容之，故世莫得知）。

    《献帝春秋》进一步认为，董昭提出授予曹操魏公的建议，荀表示反对，荀想当面向曹操陈述，正好这时让他到军前慰问，慰问活动结束后，是荀自己要求留下来的，目的是找机会跟曹操当面谈谈（及赍玺书犒军，饮飨礼毕，留请间）。

    曹操知道荀要谈什么事，就是不给他机会，最后荀在抑郁中死于寿春。

    《献帝春秋》的记载与前面几部史书不同，对后世影响却很大。但是，这个记载的真实性值得怀疑。如果按照此说，在伏皇后事件没有公开之前荀主动找曹操谈过这件事，荀等于成了告密者，这恐怕不符合荀一向做事的风格。荀如果只求