赏识刘裕，正是因为他的大力提拔，刘裕才成为了一个高级将领。如今恩人被害，换作任何人都会怒火万丈，但刘裕此时却表现出难得的冷静，他知道自己此时的实力，根本无法和桓玄抗衡，所以人在屋檐下，也就只好低头了，桓玄篡权之后，刘裕主动向桓玄表示投靠。他的投靠，在桓玄看来有很重要的意义，强大的北府军，一直让桓玄如鲠在喉，而今得到了北府军中的重要人物刘裕，也就等于瓦解了这支军队。所以桓玄非常高兴，对刘裕的招待很优厚，不但经常邀请他饮宴，刘裕要装备要钱粮，桓玄也很大方地一一满足。当时桓玄身边的许多人，都劝桓玄趁机除掉刘裕，如果桓玄是一个守成之主，他也许会这样做，可桓玄是一个有理想的人，他对属下说，我要成就大事，就必须重用刘裕，特别是他日横扫北方，刘裕肯定是一把杀敌的利器。也就是说，在桓玄的理想里，称帝只是第一步，他要做的还有自己父亲毕生夙愿：收复北方，统一华夏。

    但是桓玄没有想到，刘裕这把“利器”下手的第一个目标，竟然就是他自己。在投靠桓玄的这段时间里，刘裕一直养精蓄锐。为了表达对桓玄的效忠，他主动把自己的许多部下遣散到了别处，比如他把自己的亲信何无忌派到了庆阳，同宗兄弟刘毅派到了广陵。广陵此时是桓玄的弟弟桓弘的地盘，派刘毅过去，似乎是让自己的亲信，处于桓玄势力的监控之下。表面看，刘裕是在主动肢解自己的军队，表示自己毫无反对桓玄之心，事实上，他是给桓玄埋下了无数颗定时炸弹。到了公元405年二月，这几颗炸弹终于爆炸了，是年，刘毅在广陵起兵，杀掉了桓玄的弟弟桓弘，桓玄政权的一大臂膀，就这样给砍掉了。与此同时，刘裕也在京口发难，趁着桓玄打猎的机会发动政变，一举杀死了桓玄的堂兄桓修。如此一来，桓玄的羽翼顿时被斩掉了，势单力孤的桓玄，仓皇之下连忙逃跑到了荆州。之后刘裕乘胜追击，檄文各省，声讨桓玄的罪状，东晋的各派势力眼看桓玄倒台，纷纷表示支持刘裕，争着做墙头草。这场原本势力悬殊的较量，因为刘裕的缜密筹划，至此已经掌握了主动权。随后刘裕带兵进入了建康城，被推举为反对桓玄篡位的“盟主”。到了公元405年四月，凭借着“拥戴东晋”的名义以及迅速扩充的军队，刘裕彻底消灭了桓玄的势力，并且掌控了建康的局势。次年三月，刘裕扶持晋安帝复位，这时候的刘裕，已经官升侍中、车骑将军、都督中外诸军事，俨然成为了国家柱石，确切点说，是国家的权臣。

    对于当时的东晋王朝来说，无论是刘裕赢还是桓玄赢，都是没有区别的，因为不管谁赢，东晋的皇帝都差不多是傀儡。但是对于中国历史的发展来说，刘裕和桓玄的这一场较量，意义却远远超过了改朝换代。桓玄是东晋权臣桓温的儿子，世代名门望族，在三国至西晋的漫长历史中，世家大族一直垄断着国家高位，出身不好只能靠边站。然而在这场争夺大权的内战里，最后靠边站的，却是身为世家大族的桓玄，得到胜利的，是出身寒微的刘裕，这对于整个南朝乃至整个中国的政治结构，都产生了非常重要的影响。从这以后，寒门不再是依附于世家大族的附庸，他们本身已经成为一支强大的力量，甚至足够获得国家的最高权力，这场政变对整个国家的冲击，无论是政治观念方面，还是国家政权构成方面，都是非常深远的。

    刘裕这段时期的所作所为，确立了他在东晋朝廷里的“忠臣”形象，在当时世家大族眼里，刘裕是东晋王朝的拯救者，甚至在后来编修的司马光眼里，刘裕也是“再造东晋”的绝对功臣。然而刘裕的真实目标，绝不是再造东晋，而是再造一个属于自己的国家政权。

    刘裕能够在短短5年里，在世家大族当道的东晋，从一个普通的小军官，一跃成为把持国家大权的权臣，这在中国历史中本来就属于奇迹，放在当时，更可以说