然不敢反对，可对崔浩就不一样了，他已经成为整个拓跋鲜卑守旧派的眼中钉肉中刺，时刻想着除之而后快，不止为了除掉崔浩，更要通过除掉崔浩，打击北魏朝廷的整个汉人势力。在这样的局面下，崔浩越受宠，他的处境其实也就越危险，晚年的崔浩，对这种事情的反应，几乎到了迟钝的地步。这期间他还干了几件惹众怒的事情，一是他撺掇魏太武帝灭佛，这是因为他本人笃信道教，而且认为佛教寺院势力增长，会成为国家经济的累赘，但当时佛教已经在中国广泛传播，不但百姓里信徒众多，许多士大夫也是虔诚的佛教徒，崔浩这么做的结果，就是把原本和他是一个战线的许多汉族官员也得罪了，而那些在灭佛中被剥夺了财产的贵族们，更是对他恨之入骨。另一个得罪人的事，就是崔浩要求按照南朝的规矩，区别士庶的地位，其实这一条本身，守旧派官员们起先并不太反对，因为他们本身就是贵族，区别地位，更可以让他们凌驾在士大夫之上，但是崔浩主张把北方的世家大族，抬高到和鲜卑贵族同等的地位上，这等于得罪了大部分鲜卑贵族，这样一来，崔浩的祸事也就不远了。

    崔浩招祸的直接导火索，就是著名的《修史》事件。公元439年开始，崔浩受命修订北魏的国史，这个工作他完成得很出色，但这时期建树颇多的崔浩，已经变得飘飘然了，修史成功之后，他身边的谋士建议他把他的著作雕刻在石碑上，来彰显自己的功绩，崔浩不假思索地同意了。但这么做的结果，就是引起了整个鲜卑政权内部的暴怒。因为拓跋鲜卑早期是个游牧民族，非常的落后，那一段历史对于鲜卑贵族来说是不堪回首的，暴露在光天化日之下，更让他们觉得耻辱。本身崔浩就建议用寒门和士族来区别身份，这么一修史，再一曝光，原本是正统的北魏，一下子就成了世人眼中的野蛮民族。这件事情引起了鲜卑贵族们的愤怒，纷纷斥责崔浩的罪过。结果，一向对崔浩言听计从的魏太武帝拓跋焘，这下子也翻了脸，立刻把崔浩下牢狱，这还不算完，更大肆诛杀无辜，凡是参与修历史的，以及崔浩的亲人好友，统统不放过。这场“国史案”在当时中国北方引发了强烈震荡，崔浩的家族，即著名的河北崔家，被整族杀戮，与崔家有亲戚关系的卢家等家族，也纷纷被杀，寒门知识分子中也有多人连坐。魏太武帝拓跋焘自己说，如果不是太子劝阻，他还要杀几千人。即使如此，整个北方的士族，在这场风波中遭到了前所未有的沉重打击。

    崔浩的死，是非常屈辱的，那是公元450年的盛夏，他被囚车押上法场，一路上鲜卑士兵不断往他身上撒尿，一个功勋卓著的名臣，就这样含冤被害。关于他的死，当然不是简单的“修史”，而是当时北方世家大族与鲜卑贵族之间的矛盾所致。魏太武帝事后也搞平衡，赦免了许多参与此事的汉族知识分子，主要是寒门出身的知识分子。在崔浩死后40年，进行汉化改革的魏孝文帝拓跋宏，用“国姓”和“郡姓”来区别身份，划分等级，崔浩梦寐以求的抬高北方世家大族，让北方世家大族拥有和鲜卑贵族平等权力的梦想，就这样实现了。

    至于流传很广的崔浩是卧底的说法，好多人依据的论据，就是魏太武帝每次要攻打南朝的时候，崔浩都拼命阻止，相反一直撺掇魏太武帝去攻打北方其他少数民族政权，所以有人就认为，崔浩这是真心为南朝着想。事实上从当时局面看，先北后南，是一个深谋远虑的抉择，忠心耿耿的崔浩，最终还是为了帮北魏完成统一大业，至于所谓的潜伏，也只能说是一个传说了。