自己笼络人心，集中力量。于是，刘宋的开国皇帝，与刘宋最杰出的名将，就这样在正确的时间，正确的地点，从此走到了一起。

    檀道济初投刘裕的时候，虽然很得刘裕重视，但并不晓得檀道济才华的刘裕，只是把他当做一般人物。他开始引起刘裕重视，是在刘裕讨伐桓玄战争爆发后。当时从镇江到建康之间，桓玄已经布置好了防御，他的兵力本身就比刘裕多，而且他属于“改朝换代”，既定事实已经造成了。所以当时刘裕的大部分部将，都劝说刘裕火速进兵，绕开桓玄的防御，直抵建康城下。那时候的檀道济，只是刘裕身边的“参谋军事”，也就是个普通参谋，他提出了一个完全相反的计划：桓玄属于篡立，他的行为本身就不得人心，他自己也心虚，而各派的势力，这时候正在观望，一旦桓玄得胜，就会立刻倒向桓玄，到时候局面就不好收拾了，所以贸然进兵建康，如果有失，就会前功尽弃。一番分析让刘裕折服，随后刘裕采纳了檀道济的建议：表面上招兵买马，摆出大举进攻建康城的架势，其实却徐徐推进，并且派人到各处宣告桓玄的罪状，外加鼓吹自身兵力的雄厚，对桓玄展开心理战。事实果然如檀道济所料，在几次小规模交锋战败后，桓玄自己就慌了阵脚，迫不及待地撤出建康，挟持东晋安帝逃到江陵，一直属于“寒门”的刘裕，就这样兵不血刃地进入了东晋的国都建康。得胜之下，刘裕手下的许多部将都头脑发热，要求乘胜追击，一举占领桓玄的老窝荆州。这个时候又是檀道济，再次提出相反的建议，檀道济认为，此时桓玄虽逃，但实力并未受损，荆州是桓玄的老窝，经营多年势力稳固，不是一时可以攻下的，况且建康新得，人心未定，当下应该做的是稳定阵脚，再图攻势。而且他认为，桓玄绝不会甘心丢失建康，他一定会在实力有所恢复后主动来攻。事实上，这几条全被他说对了。公元404年五月，桓玄集中军队进攻建康，被刘裕打得大败，桓玄本人也在逃亡路上被杀。这场“桓楚之乱”，最终以刘裕的胜利告终。

    桓玄败亡之后，晋安帝复位，但是东晋的大权，已经掌握在刘裕手中了，这场刘裕和桓玄之间的争斗，对刘裕本人，乃至整个中国历史的走向，都有着深远意义。刘裕代表的是魏晋门阀衰落之后新崛起的寒门阶层，而桓玄代表的，却是旧的门阀阶层，新旧阶层的碰撞，最后以桓玄的失败告终，这其实是整个魏晋南北朝时代门阀衰落的丧钟。而对刘裕本人而言，作为北府军的重要军将，此时他已经走到了他的前任刘牢之等人从未到达的位置，从过去边缘化的军阀，成为如今掌握国家大权的权臣。“一人得道，鸡犬升天”，檀道济也不例外，因他在整个过程里的功劳，他被刘裕封为南阳太守，这也是他第一次得到领兵的权力。结果他出手不凡，不但能分析更能打，一举扫荡了当地的桓玄残部，俘虏了桓玄的儿子桓震，将桓玄一派势力斩草除根，彻底断了刘裕的心病，因此更进一步，被封为五等侯。

    从这以后的差不多十年时间里，檀道济的主要工作，就是帮助刘裕打内战，他的地位也节节攀升，先是在公元410年，檀道济官升扬武将军，受命镇压持续多年的东晋卢循农民起义。这场农民起义也是东晋王朝的一个大麻烦，起义者主要是南迁过来的“流民”，战斗力强悍，东晋先前战无不胜的“北府军”，屡次遭到战败。檀道济到来后，战局立刻就改观了。当时的局面对东晋格外不利，卢循于这一年八月，集中了10万大军攻打建康，特别是他的巨型战舰，更是远远优于东晋。此时的刘裕正率军在北方和南燕政权作战，闻讯后火速往回赶，而留守在南方的檀道济，他的任务，就是在刘裕回来前，必须要顶住卢循的进攻，守住江陵。结果，檀道济仅凭手下不足万人的部队严防死守，硬是顶住了卢循的进攻，当然他并不是硬拼，而是故意虚张声势，把所有能找出来的旗帜都找