之真有，冀其治世，以苏困苦，聚为烧香之党……妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫……终不能济世安民”。

    朱元璋还宣称，他远在渡江之前，已“灼见妖言，不能成事，又度胡运，难与立功，遂引兵渡江”，不仅否认自己从前信奉白莲教并长期臣属于小明王的事实，而且完全抹煞大宋红巾军对他在江南地区发展壮大势力所起的掩护作用，把自己的胜利一概归之于“天地祖宗之灵”及其“将帅之力”。

    抛弃白莲教义，就意味着皈依到孔子门下。随着夺取天下形势已显，朱元璋开始了尊孔活动。龙凤二年九月，他前往镇江，一入城首先就去拜谒孔子庙。龙凤六年五月，朱元璋下令在应天设立儒学提举司，任命宋元以来金华朱学的传衍人物宋濂为提举，正式尊崇儒教。

    不过，为了最好地利用白莲教的剩余价值，朱元璋后来决定给自己的新朝代定国号为“大明”。因为经过白莲教的广泛传播，明王出世成为了民间熟知的预言。韩山童自称明王起事，韩林儿继称小明王。朱元璋的部下，大多都是白莲教的信徒。朱元璋以出自白莲教经典《大阿弥陀经》的“大明”作新皇朝的国号，一是表明了新王朝与小明王的继承关系，二是向其他觊觎帝位者暗示，“明王”已经出世，光明世界已经到来，其他人就不必再痴心妄想了。

    明朝立国后，朱元璋开始了对明教、白莲教的严厉镇压。洪武三年（公元1370年）朱元璋颁“禁淫祠”诏：“不许塑画天神地，及白莲社、明尊教、白云宗，巫觋扶鸾祷圣，书符咒水诸术，并加禁止，庶几左道不兴，民无惑志。”其后，朱元璋便藉修订《大明律》，将明教、白莲教列为“旁门左道”，严行禁止。《大明律》规定：“凡妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道乱正之术，或隐藏图像，烧香聚众，夜聚晓散，佯修善事，扇惑人民，为首者绞，为从者各杖一百，流三千里。”“凡造谶纬、妖书、妖言及传用惑众者皆斩。若私有妖书隐藏不送官者，杖一百，徒三年。”有明一代，白莲教、明教势力一直被牢牢压制。