两位好友也参加了保卫昆山的战斗，昆山军民在跟清兵激战二十一天后，终因寡不敌众而失败，昆山城陷落的时候，顾炎武的生母被清兵砍断了右臂。抚养他成长的婶母（也是他的继母）听到清兵破城，就绝食自杀了，临死时嘱咐顾炎武誓死不受清朝俸禄，说完闭上了眼睛。

    顾炎武痛哭着安葬了继母，准备离开家乡投奔鲁王，但还没有动身，鲁王政权就已经覆灭了。后来顾炎武隐姓埋名，在长江南北一带奔走，想组织一支抗清的队伍，但终因势单力孤，没有成功。

    当时，沿海和太湖一带还有零星的抗清活动，清朝官府防备很严，如果发现有抗清嫌疑的人，就要加上“通海”的罪名，打进监狱。

    昆山有个地主叫叶方恒，想吞没顾炎武家的田地，就买通顾家的仆人，举报顾炎武“通海”。顾炎武于是被清政府抓进了监狱。一些朋友为了搭救他，去找在清朝做官的钱谦益帮忙。钱谦益本来是南明弘光政权的礼部尚书，又是个出名的文学家。清兵南下时，他投降了清朝，名声不好。

    对于顾炎武的难处，钱谦益表示，只要顾炎武承认是他的学生，就愿意保他出来。那位朋友知道顾炎武是不会那样做的，于是就自作主张，假造了一张顾炎武的名帖，送给钱谦益求助。这件事后来让顾炎武知道了，直怪那朋友多事，非要把名帖讨回不可，朋友不肯，顾炎武就索性在大街上贴告示表白，声明那张名帖是假的，弄得钱谦益十分尴尬。

    经过朋友们的多方奔走，顾炎武才被释放出来。但叶方恒还不肯罢休，派人追踪他。有一天，顾炎武在南京太平门外经过，遭到暴徒袭击，头部受重伤，幸亏有好心人救护，才脱离危险。顾炎武知道，他在江南待不下去了，于是决定到北方去游历。他去北方游历有两个目的，一是想考察各地的地理形势，风俗民情；二是想找机会结交一些志同道合的朋友，进行抗清活动。

    顾炎武在长途跋涉的艰苦环境中，仍没有放弃学术研究，一路上，他用两匹马、四匹骡子驮着他的书籍，遇到关塞险要的地方，他就访问当地的退伍老兵，了解那里的风土人情，如果跟他在书本上读到的不一样，就拿出书本核对，这样，他的知识就更加丰富充实了。

    顾炎武从四十五岁起，用了二十多年时间，在山东、山西、河北、江南各地来回奔走。他把一腔的苦闷倾注于学术研究中。旅途上，手不释卷。在马背上展卷低吟；旅馆中挑灯圈点，勘察地形，寻找地名的沿革。其间，他完成了《营平二州史事》、《山东考古录》、《冒平山水记》等一批重要著作。

    晚年，他在陕西华阴定居下来。顾炎武从小读书有个习惯，有一点心得就用纸笔记下来，后来如果发现错误，又随时修改，发现跟古人议论重复的，就删除去掉，这样日积月累，再加上他从调查访问得到的材料，编成了一本涉及政治、经济、史地、文艺等内容极其广泛的书，叫做。

    这部书被公认为是极有学术价值的著作。在里，他提出了“天下兴亡，匹夫有责”的重要思想，认为社会的道德风气败坏，就是亡天下；为了保天下不亡，每一个地位低微的普通人，都应负起责任。

    1679年，康熙命大学士熊赐履主持明史馆修撰《明史》。顾炎武谙熟明史，这是尽人皆知的事情。熊赐履自知很难胜任，便请顾炎武的外甥清朝重臣徐学乾从中斡旋，聘请顾炎武入馆给予襄助。顾炎武不给任何人情面，再一次坚辞拒绝，非但自己不参加，而且规劝熊赐履也不要做这种违心的屈笔之作。

    在康熙开设“博学鸿辞科”时，有人想推荐他应召博学鸿辞科，他写信回答说：“我这个七十岁的老翁还巴望什么呢？唯一的就是一死，如果一定要逼我应召，我只能一死了之。”

    1682年正月初八，在山西曲沃，顾炎武在上马时