宗虽然都是贤主，但均因废掉皇后而受到批评。结果，顺治皇帝接到奏疏后勃然大怒，声言自己此举是废掉无能之人，严厉斥责上疏大臣不关心国家政务，反在无益之处沽名钓誉，“甚属不合”。尽管有孝庄太后和蒙古王族的支持，诸大臣还是未能说服顺治皇帝，他的任性、偏激、妄为由此可见一斑。

    顺治皇帝是清朝入关后第一位统治中原的皇帝，他幼年即位，受到母亲孝庄太后的严格管教，而朝政大权长期为其叔摄政王多尔衮把持。顺治皇帝成了摆设不说，还不得不有意纵情于嬉戏游乐，以为韬晦之计，避免受到多尔衮的猜忌。在这样险恶政治环境下长大的顺治皇帝，心理极为扭曲压抑。多尔衮病死后，他终于取得了大权，立即表现出暴躁刻薄的性格，开始恣意妄为，完全凭自己的意志决定许多事情，全然不为大臣的意见所左右。

    如同其他八旗亲贵一样，顺治皇帝自小形成了纵情声色的恶习，好色淫纵，即使在结婚之后，“人们仍听得到他在道德方面的过失”（传教士汤若望）。不过，自遇到董鄂氏后，顺治皇帝突然起了惊人的变化，恶劣脾性大为收敛。他仰慕汉族文化，而五位蒙古后妃均目不识丁，彼此自然没有什么共同语言。董鄂氏却“不用金玉，诵《四书》及《易》”，又精通书法，与顺治皇帝志趣相投。顺治十三年（1656）八月二十五日，顺治皇帝力排众议，册封新入宫的董鄂氏为贤妃。当年九月二十八日，即晋为皇贵妃。才一个月的功夫，董鄂氏便由妃子升为地位仅次于皇后的皇贵妃，升迁速度之快，史所罕见。不仅如此，当年十二月初六，顺治皇帝还特意为董鄂氏举行了隆重的册妃典礼，并下诏大赦天下。终清一朝，这是唯一一次因册立皇贵妃而大赦天下的例子。

    董鄂妃温婉贤淑，对政治并无兴趣，但由于皇帝对她的宠爱，她的一举一动给清初政局带来了巨大的影响。尤其是当她生下皇四子后，顺治皇帝更将她们母子捧到了天上，并一心要立皇四子为太子。倘若真是如此，董鄂妃之子将来为皇帝，董鄂妃将来就是皇太后，势必对满蒙贵族间的政治关系构成威胁。孝庄太后从长远的利益着想，决意置董鄂妃于死地，但以她的老谋深算，自然不会明目张胆地下手。她有意在董鄂妃刚刚生产之时，宣称“圣体违和”，养疴于南海子，并要后妃们随身伺候。董鄂妃不敢悖旨，被迫拖着极度虚弱的身子前往南海子，没日没夜地侍奉太后的寝食，经过一番折腾，健康状况急剧下降，很快就“形销骨立”。不久，董鄂妃的儿子早殇，不少野史记载说这名尚不足百日的皇子是被毒死的。皇四子之死对董鄂妃的打击是致命的，她很快就倒下了，从此缠绵于病榻。

    正因为董鄂妃的病情以及后宫复杂的矛盾，导致顺治皇帝在顺天科场案结案后没有立即追究江南科场案。皇帝没有心情，刑部自然也没有太当回事，有意迁延观望。

    至于江南闱科场案的相关案犯，两名主、副考官方猷、钱开宗自然脱不了干系。尤其是二人在离开京师前，顺治皇帝亲自召见叮嘱，还弄出了这样满城风雨的事，死刑肯定是避免不了的。另外包括方章钺在内的七名举人（程度渊在逃），有两江总督郎廷佐的调查报告，当然也是难逃处罚。剩下比较难办的是吴兆骞，他被逮捕下狱是因为在瀛台复试时交了白卷，按理该与另外十四个文理不通的考生一样，革去举人功名完事，不必再单独立案审讯。然而他当场交了白卷，大大激怒了更年轻也更气盛的顺治皇帝，要深究之前南京乡试时有没有通弊嫌疑。问题是这位吴兆骞是名满天下的才子，任谁都不会怀疑他会靠作弊中举。最初，人人都以为吴兆骞最多不过被除名，最后还是无罪释放，但偏偏有好事之徒在这个时候踩了他一脚。

    之前曾经提到过江南有慎交社和同声社门户恩怨之争，主持慎交社的吴兆骞曾与同声社重要成员王