又是皇上信赖的大臣，事情万一闹大，皇上的面子过不去，我们都不好交代。这件事，还是就这么算了吧。”张伯行却义正词严地回答道：“钦差一向有清正廉洁、执法如山的名誉，切不能因为个人恩怨袒护权臣。如此一来，天下将无正义可伸，上负天子爱才之心，下屈壮士报国之志。我不能赞成息事宁人的态度。”

    张鹏翮虽然心有惭愧之意，但为了自己的利益，还是抹下面子，竭力劝说张伯行让步，就此结案停审了事。孰料张伯行也是个牛脾气，坚决不肯屈服。二人就此不欢而散。

    几天后，两道加急奏折先后送到康熙皇帝案前：第一道是江苏巡抚张伯行弹劾两江总督噶礼的。说外间舆论盛传总督噶礼与监临、提调各官暗中受贿而鬻卖举人头衔。又传说事情败露后，总督噶礼勒索银五十万两。对噶礼的种种不法行为，张伯行痛心疾首：“督臣忍负皇上隆恩，擅作威福，卖官卖法，复卖举人，贪残暴横，恶贯满盈，只缘权势赫奕，莫敢撄其锋以贾祸。仰祈敕令解任，一并发审，俾舞弊之人，失所凭借，承审之官，亦无瞻顾，庶几真情得出，国法得伸。”（《历朝四百五十人传记》）请求皇帝立即将噶礼解任审查。第二道则是噶礼弹劾张伯行的。声称张伯行阴谋诬陷，有意败坏总督名声。又因为当时刚刚发生了戴名世《南山集》的文字狱，举报《南山集》在苏州（江苏巡抚驻在苏州）刊刻，张伯行知情不报，且与为《南山集》作序的方苞交好，甚至有意包庇。又罗织了其他多项罪名，指责张伯行玩忽职守。

    康熙皇帝看到奏疏后大怒，认为督抚互参有失大臣体统，下令将噶礼和张伯行二人一并免职，责令钦差大臣张鹏翮会同漕运总督赫寿再审。清朝漕督衙门设在淮安（黄河、运河交会之处，漕运咽喉之地，今江苏淮安），赫寿接旨后不敢怠慢，立即从淮安起程，坐船经大运河赶往扬州。

    总督和巡抚均是地方最高长官，即所谓的封疆大吏，督抚互相攻讦弹劾是朝廷大事，而江南更是朝廷的财赋重地。督抚互参一经传出，一时间成为轰动天下的大奇闻。这场科场案的审理，实际上已经变成了贪官和廉吏之间的较量。朝臣也各有立场，本来简单的科场案立即牵扯上了朋党之争和满汉之争，局势开始复杂化。

    《清稗类钞》还记载了富有戏剧性的一幕，噶礼和张伯行奉旨革职、于行辕对簿完毕后，二人出门时因相争不下，继而大打出手。噶礼身材雄壮，张伯行也是高大魁梧，噶礼最终被张伯行踢了一脚，“踣于地而滚”。

    远在京师的康熙皇帝无时无刻不在关心江南的发展，密令曹寅和李熙多方打探。几天后，江宁织造曹寅的密折送到，其中说：“臣留心打听张鹏翮与赫寿所审吴泌、程光奎之事。吴泌买举，只追问李奇夫妻金子下落，意在就李奇撞木钟，以结吴泌之事。程光奎只认夹带，以结程光奎之事。至于左必蕃、赵晋二人及房考等，俱未细问。众论以为张鹏翮外则调停总督抚院了结此案，而本意则不欲重伤主考、房考，以塞科甲侥幸之路。赫寿亦因循可否，以观成败。总督噶礼实无包揽卖举之事，护庇叶九思（前任安徽巡抚）事或有之。解任之后，虽有人众保留，皆以下官吏粉饰曲全，殊无真爱戴之者。巡抚张伯行实因粮道参处，自己亦诖误调用，当封印之际，预闻京信，两下纷争，以有此疏，欲复噶礼之仇，亦非为科场持公起见也。解任之后，亦有人众保留，率多秀才，亦皆以下官吏粉饰曲全，殊无真爱戴之者。众人议论，皆云江南百姓蒙天恩视如赤子，屡免钱粮，时加抚恤，督抚二臣不体贴圣衷，安静保护，徒博虚名，各为己私，互起朋党，殊无大臣之体。张鹏翮身为大臣，理宜秉公持正，力决是非，而反周旋主考、房考，曲全两造，迁延时日，不能无私。自去年至今，已经四月，每日吊开单审，并不对口，并不再问程光奎之事，只审吴泌一