嘉庆皇帝即位时，清朝国势日衰，国库空虚，全国各直省府库亏空，财政危机日益突出。为了应付危机，嘉庆皇帝不得不开始清理亏欠，于是相继有地方官吏勾结侵蚀国库大案被揭发出来。嘉庆十一年（1806），直隶司书王丽南舞弊案发。这起被嘉庆皇帝认为性质比当年甘肃捐监冒赈案性质更为恶劣的案件，就发生在天子的眼皮子底下。而更可怕的是，这起大案历时十年，隐匿时间比历时七年的甘肃冒赈案更长。

    自嘉庆元年（1796）起，直隶司书王丽南就私自雕刻了两颗藩司和库官的假印，联合其他州县官员张麟书等人，开始用虚收、虚抵、重领、冒支等各种手段侵蚀国库：有将司发库收小数帖改大数者；有将领款抵解钱粮又蒙混给发者；有串通银匠，给予假印批收者。共侵吞定州等二十四州县银三十一万六百余两。

    起初，甘肃捐监冒赈案发时，被视为惊天大案，“为从来未有之奇贪异事”。然而，仅仅二十五年后，就发生了直隶官员串通作弊侵帑案。一个小小的直隶司书，竟敢私雕假印，舞弊营私，令嘉庆皇帝“殊堪骇异”，十分震惊地说：“这是我朝未有之事。从前外省不肖官吏作奸犯科，如甘肃捏灾冒赈之案，最为重大，不过也只是借办赈为名，虚报侵肥，从没有身任州县，与胥吏等勾连一气，公然将正项钱粮，私雕假印，挖改公文，虚捏报解，抵冒分肥，至三十余万两之多。”虽然此案涉案官员品级均不高，金额也不及甘肃捐监冒赈案，但在天子脚下，目无法纪已经到了令人发指的地步，被称为清朝历史上从未发生过的大案。

    案发后，虽然涉案官员都受到了相应处罚，然而一叶知秋，吏治全面腐败，社会矛盾日益激化，国库钱粮亏空严重，均成为嘉庆一朝无法回避的重大问题。特大命案李毓昌之死就是发生在这样的背景下。此案涉及人物上到两江总督、下到长随，更因为案情离奇复杂、审理过程费尽周章而轰动朝野，被称为清代的奇冤大案。

    嘉庆十三年（1808），暴雨连绵，黄河决口，江苏淮安一带首当其冲，洪水泛滥成灾，房倒屋塌，饿殍遮道，无数百姓失去了家园，沦为灾民。清廷为此紧急启动了救灾放赈机制，并要求地方官员必须派出精干官员下去查赈，务求赈灾钱粮发放到灾民手中，以表示朝廷是真心“恤民”。两江总督铁保和江苏巡抚汪日章不敢怠慢，立即选派了官员，分赴灾区。

    其中，有十一名官员被派往山阳县查赈。山阳县为淮安府所在地，也是这次水灾的重灾区，朝廷专门为之拨银九万九千两赈济，因而派往山阳的大多是老辣干练的官吏，如府知事余清扬，同知林永升，州同龚国烜、谢为林，教谕章家璘，县丞张为栋，训导言廷璜，典史吕时雨及从九品温南峰、黄由贤十人。只有一人例外，那就是新科进士李毓昌。

    李毓昌，字皋言，号荣轩，山东即墨人。出身贫寒，却自幼好学，以品学兼优闻名乡里。乾隆五十九年（1794）中举人，嘉庆十三年（1808）中进士，以即用知县分发到江苏候缺。到江苏赴任不久，李毓昌便赶上了江苏水灾，于是奉命以查赈委员的身份前往山阳县查赈。

    这一年，李毓昌刚好三十六岁，这是他人生中第一次步入仕途。从奉委之初，他就决定要秉公办事，消除侵冒，做个廉明的“清官”。同行的十名官员中，自有人年纪比他小、学问比他差，但论到官场的潜规则，他却着实是个新手。一进入山阳境内，便能看到县内土地荒芜，农事凋敝，受灾百姓食不果腹、衣不蔽体，生活困苦。李毓昌不由得十分不安，愈发感到此行责任重大，恨不得长上翅膀，早日赶到山阳县衙了解放赈情况，而其他官员却无一例外地熟视无睹。

    起初，李毓昌还频繁催促众人快行，但结果只招来众同行的白眼和冷言冷语。李毓昌的亲信长随李祥惯于