耗传到李毓昌山东老家，家人无不悲痛欲绝。尤其是李毓昌妻子林氏又是伤心又是不解，疑窦丛生：她丈夫秉性刚毅，寒窗苦读，曾多次参加会试，这次好不容易中了进士，金榜题名，又候补了知县，步入了老爷的行列，正是春风得意之际，怎么会突然上吊自杀呢？然而，不解归不解，淮安知府王毂已经以李毓昌自缢身亡定案，她一个妇道人家，又能怎样？眼下还是先办理丈夫的后事要紧。

    当年十一月十六，李毓昌叔父李泰清受托从山东赶到山阳，准备迎李毓昌灵柩回乡。山阳知县王伸汉亲自领着李泰清到善缘庵开棺验尸。李毓昌灵柩被停放暗室之中，且棺底用木凳四面垫起。据王伸汉说，这样做是为了防止尸体腐败。年迈的李泰清为了最后看侄子一眼，不得不踩着板凳俯视棺材，只见李毓昌面色惨白如纸，眉目模糊不清。李泰清一时悲从心来，实在不忍心再看。于是就此盖棺。王伸汉还特意送给李泰清白银一百五十两作为路费，表示对李毓昌壮年而逝的同情。

    当时正值冬季，寒风凛冽。李毓昌灵柩运抵老家山东即墨后，因天寒地冻，便暂时搁置在李氏堂屋中，预备等到春天凝土解冻后再行下葬。

    嘉庆十四年（1809）二月，李毓昌妻子林氏在检点亡夫遗物时，偶然发现一件皮马褂上有斑斑血迹。另有一页禀帖残稿，稿中有“山阳知县冒赈，以利陷毓昌，毓昌不敢受，恐上负天子”等语。林氏本来就觉得丈夫死得无原无因、不明不白，这下更是疑心大起，立即找来叔父李泰清商议。李泰清检验皮马褂后，确认为血衣，也开始怀疑李毓昌是被人谋害致死，决定重新开棺检验。打开棺材细看尸体，这才发现李毓昌的面白是用石灰涂抹而成，口鼻间还留有些许血渍，而尸体的手足指甲、牙尖、心窝、肚脐均为青黑色，呈现出明显的中毒迹象。古代一般用银器来检验毒药，李泰清拿了根银簪伸入尸体口中，银簪立即变为黑色，证明口中确实有毒。至此，李毓昌系被害身亡已经是确认无疑的事。这到底是怎么一回事呢？

    原来山阳知县王伸汉是个臭名远扬的大贪官，平时就爱雁过拔毛、敲骨吸髓，以鱼肉百姓、搜刮民财为能事，弄得一方百姓怨声载道。水灾发生后，他不但置饥寒交迫的饥民于不顾，反倒把水灾看成是借机发财的良机，一方面虚报灾民人数，冒领赈银，另一方面缩减实发数目，大肆克扣。这一年，山阳县领得赈银九万九千两，有二万五千两都被他中饱私囊落入了个人的腰包，几乎占全部赈银的四分之一。刚好此时，李毓昌等一行查赈委员来到山阳，王伸汉生怕吞赈之事败露，立即挨次贿赂查赈委员。其他委员都还好说，只有李毓昌执意不受，并立即搬离县衙公馆，改住到善缘庵，由此令王伸汉忌恨不已。

    而李毓昌随即率三名长随赴山阳乡下查赈，勘验受灾程度，逐户查核人口、赈票及领取赈银数目，并登记造册，再与原山阳县所报之放赈名册逐一核对，核实有无漏赈和冒领现象。到十月底，李毓昌复查完两乡，已经完全掌握了山阳知县王伸汉借放赈之机虚报户口、克扣赈银的实据。他将所发现的问题逐一列出条款，亲自草拟呈文，准备上报负责查办赈务的江宁布政使杨护，并揭发王伸汉贪赃枉法、趁灾打劫的所作所为。

    自从李毓昌搬离衙门馆舍后，王伸汉一直寝食难安，他派出亲信长随包祥监视李毓昌的一举一动。得知李毓昌将要检举揭发自己贪污罪行后，王伸汉大为恐慌，急忙写了一封书信，请李毓昌速回县衙。

    县衙早就准备好了各种珍馐美味，王伸汉又殷勤劝酒，诱之以利，说：“你初入仕途，还不知道做官的诀窍。想想你这些天日赴茅舍，访贫问苦，天寒地冻，如此劳累，却只是慕虚名而失实惠。我私下认为你不该如此。”话已经说得十分明白，旁边也摆出了一万两白花花的银子，不料李毓昌义正词严地