与管理社会主义经济中的意义与作用，认为成本与盈利的确定是社会主义价格形成的中心问题；价格首先是衡量社会劳动消耗的工具，同时也是再分配国民收入的杠杆；主张按照社会价值和社会成本来制订价格，以充分运用价格在社会经济生活中的杠杆作用。1964年，他与何建章合作著文，系统地论述了以资金利润率作为评价社会主义经济活动的标准。以生产价格为基础的价格主张遭到批判，孙冶方在红旗杂志社召开的批判会上，主动走上台说：“不要再批判他们了。他们的文章阐述的是我的观点，干脆你们就冲我来吧！”

    1975年4月，孙冶方获得平反，1977年后担任中国社会科学院经济研究所顾问。为了及时挖掘孙冶方的研究成果，经济研究所专门成立了一个小组，由张卓元和吴敬琏负责，协助孙冶方整理《社会主义经济论》。

    1979年4月，孙冶方带着张卓元的课题写作小组去了无锡，并参加了全国价值规律理论问题的专题讨论会。然而4个月后孙冶方被查出患了肝癌。为了集中抢救孙冶方的学术遗产，经济研究所领导决定增加张卓元课题组的工作。张卓元除领导课题组的工作外，还抓紧时间在病房旁听孙冶方的口授、录音，经过一年的录音整理工作，完成了《社会主义经济论》大纲20余章的初稿写作。

    1982年9月，孙冶方参加了党的第十二次全国代表大会以后，病情恶化。他躺在病床上想写一篇关于实现20世纪末战略目标问题和批评“基数大、速度低”消极论调的文章，但由于精力不济，只好向张卓元口授了他的主要精神和内容，请弟子代他完成。张卓元起草了《二十年翻两番不仅有政治保证而且有技术保证——兼论“基数大、速度低”不是规律》的初稿。张卓元拿着草稿来到医院，在病床前一句句地给孙冶方念，请他提出修改意见。经过几次反复修改，这篇文章发表在当年11月19日的《人民日报》上，得到了中央高层领导的肯定。

    1983年，我国杰出的经济学家孙冶方离开了人世，临终前，孙冶方把他的最后一部专著《社会主义经济论稿》的编辑工作交给了他的弟子张卓元以及刘国光、林青松等人。在他们的努力下，这部书稿于1985年由人民出版社出版。

    张卓元1983年7月调到社科院财贸经济研究所任所长、研究员；1993年12月调到社科院工业经济研究所任所长。1995年9月他回到经济研究所，继承了孙冶方的职位，担任所长。

    与张卓元一起共事的经济所同仁发现，张卓元有着老所长身上很多优秀品德和作风，总是那么谦和、执着和智慧，真不愧为孙冶方的高足。

    张卓元也说：“我从50年代深受孙冶方理论的影响；60年代紧紧追随孙冶方；‘文革’后学习孙冶方精神，发展创新经济学理论；现在我还要继承和发扬孙冶方的精神、思想和理论。可以说，我在经济生涯中与孙冶方结下了不解之缘。”