产生农业生产的低效率会阻碍农业产业化的观点，如果动态地看问题，可能会得到相反的结论。评论者进一步指出，农民生产的低效率不等于农业的低效率。

    一位署名秋风的论者在《农民还得作牺牲？》一文中指出，温铁军的观点对于农民来说“太不公平”。因为按照他的思路，土地承担着农民的社会保障功能，而中国的现状是农业人口严重过剩，但又不能都转移到非农产业，只能留在农村，而一旦把土地分配给农民，如果他们失去土地，他们就失去了最后的一点保障，于是他们就可能成为社会的不稳定因素。这显然“不是一个经济学的结论，而是站在政治家的高度，来谈论国家和整个社会的稳定问题的”。

    秋风称温铁军把九亿农民当成一个整体，“可以像一个工程师一样按自己事先设计好的蓝图把他们捆绑在贫瘠的土地上”；而在秋风看来，“不存在作为一个整体的农民”，每一个农民有选择的自由；他有权利迁徙到他喜欢的城市，他有权利离开生活了几十代的土地……“这种权利是任何人不能以任何借口来剥夺的”。

    秋风赞成用市场化的方案解决中国农民问题，他甚至认为温铁军解决中国农村问题的原则太过繁杂，其实问题“一点都不复杂”“只有通过构建农民的土地所有权、尊重每个农民的人身自由和经营权利，赋予每个农民一个现代国家公民的基本权利，惟有如此，一个社会才会成为最稳定的社会”。

    不知为什么，温铁军对这样的批驳表现得很平静。他曾在一次采访中作过这样的表态：学术界这么多人批评我，我觉得是好事。一是说明大家都在关心，尽管有些批评情绪化了点，其实我有时候也情绪化。二来对我也是一种鼓舞，只要是老师的批评，我都诚心接受；年轻的同志的批评，我可能不大客气，也希望大家不要对我客气。有讨论总比没讨论好啊。比较活跃的讨论，就是思想进步的一个前提，现在就缺思想。

    但他声明他不但不反市场，而且特别喜欢市场。他强调他提出“市场失灵和政府失灵”的问题，是希望人们能够反思以前约定俗成的看法，所有从国外引进的学问，在今天复杂的“三农”问题面前的确都需要重新思考。尤其是书斋里的学者更应“慎言三农”“不做实验，你怎么知道你那一套是对的？”

    2003年春天，当SARS在中国肆虐的时候，温铁军却在日益升温的SARS讨论中出人意料地保持了沉默。直到《经济观察报》记者采访他时，他才发表了认为一些知识分子对问题的讨论不得要领的评价。

    温铁军一开始便不相信SARS必然在农村产生可怕的蔓延，因为它首先是一种城市病；SARS的出现也绝非偶然，它是过度的发展主义的结果。在他看来，这与农村的公共卫生系统也没有直接的关系。他甚至有一个“不很学术的”观点：SARS会在夏季销声匿迹，然后在冬季重又出现。因为SARS和感冒、肺炎、呼吸道相关，呼吸道系统冬天容易受感染，而夏天连感冒都很少。

    作为一种疫病，SARS从人口密集、工业污染严重的城市发生，是必然现象，它是现代化大城市人类食欲、贪欲集合的结果，因而他不认为这种死亡率程度的病对中国会有什么深度影响，也并不像一般知识分子那样，认为SARS会改变什么。

    但他认为，在农村还有比SARS更值得我们关注的事，应该谨慎对待，农村重又出现的流行病（血吸虫病、肝炎）比眼前的SARS更为致命。“而今天媒体对于重建农村公共卫生系统的呼吁仍不着要点，你根本不能指望为9亿农民设计一套西方式的系统。”在他看来，现在面临的实际问题比这一切复杂得多，公共健康问题只是农村面临的诸多严峻挑战的一个侧面而已。

    人们看到温铁军对人民公社时期的赤脚医生制度的怀念