为了减轻农民负担，国家在农村进行了税费改革。2000年，安徽省率先进行了农村税费改革试点。这项改革取消了过去的“三提五统”以及屠宰税等多个收费项目，为减轻农民负担建立了制度保证。

    位于安徽省西北部的太和县是我国最早开展农村税费改革的试点县，温铁军于1993年曾在这里试点。三年的税费改革，让这里的农民肩上的担子轻松了，但是这里的乡镇财政压力却有增无减。

    温铁军认为，减轻农民负担应该有一个综合的办法来解决，比如说税费改革也好，或者机构精简也好，或者是反腐倡廉也好，哪一项都不可能单独奏效，一定要多管齐下，才可能奏效。

    1993年，温铁军提出了解决农民负担的一个大胆设想，即乡镇实现自治——把“以户纳税”改为“以村纳税”。他说，中国自秦朝设立“郡县制”以来2000年的封建社会都是“皇权不下县”，政府对于小农经济最低成本的管理方式是乡村自治，而不是国家针对每一个农户的税费管理，因为政府与亿万农户之间“交易费用”太高。

    在温铁军看来，取消镇一级行政级别，村和镇两级自治，可以节约交易费用，从而减轻农民的负担。

    有人质疑村镇自治后取消管理者的薪水的现实可行性，对这一点，温铁军胸有成竹。他说历史上自治村社的领导者不是官，只是社区的精英，平时不领薪水。大家选他，是对他的道德和能力的认可。比如《史记》里的陈平16岁为乡里宰，相当于社区长，他的作用只是在祭祀的时候，把屠宰的牲口分给大家，平时没什么事情，就干自己的事了。中国历史上的自治社区领袖，跟现在西方的镇长相似，不拿薪水，只在需要的时候才出来，不需要的时候形同虚设。而按照现行体制，镇作为一级政府，就必须有行政费用的支出，如买车、接待、发工资等等，可现在的村就没有这些行政开支。

    这样的方法的确比较理想，但如果村长和镇长不拿薪水，谁愿意义务出来为村民服务？温铁军的设想是，这些村长或镇长尽管是义务来为村民服务，但他还是有一些“好处”的。比如他能够有效地调控村内资源、分配村内收益。这时的管理者在社区血缘关系的制约之下，就不仅仅只有经济人的理性，还有道德理性。中国几千年的小农社会都是靠经济理性和道德理性来维持的，光有经济人的理性是不够的。“那么多社区精英，比如延安时期的李鼎铭先生为什么能当开明士绅？他要狠狠剥夺农民行吗？有些地主以诗书传家，秉承仁义理智信的道德传统，并不是那种青面獠牙的套话所能概括的，否则他们也就不叫社区精英了。如果是这样，中国的历史早就完结了。中国乡村历史给我们的教训，恰恰是如何维持良绅管理下的乡村自治。”

    在农村改成自治村的同时，温铁军建议把镇改为自治镇。他对目前的镇管村的体制持异议。因为现行的这种市管县、镇管村的制度，是典型的城市中心主义。镇管村的后果是镇可以依托传统体制伸手向农村要钱，用于镇中心区的建设。

    国务院总理温家宝曾多次强调，中国这么大的一个国家，生产力水平千差万别，各地的经济结构也不一样，因此要科学决策，要改变那些不适应生产力的某些上层建筑。在温铁军看来，按温总理的话去理解，2.3亿小农户基本上从事自然生产就是中国农村的基本现状，这种生产力决定的上层建筑应是村社自治，自下而上地提出公共品要求。但很多人还没有理解温家宝总理的话的真正含义，我们现在最主要的问题是没有真正理解温家宝总理所指出的如何科学决策问题。所以，可行的政策是把社区自治体（现在叫村集体）作为财产主体和纳税主体，把政府直接面对2.4亿小农户转化为面对70多万个村，把乡级政府改为乡公所，合并乡镇，以此降低交易成本。