从楚云儿那里回来之后，石越紧接着就引起了四月份的一场风暴。因为唐棣等人还没来得及接到朝廷的任命，这也让他们在这场风暴中依旧担任着助手的角色。

    熙宁三年的四月，本来应当是一个春暖花开的季节，但是从另一个角度来看，这个季节却也是个多事的季节。在朝廷中，王安石开始了对御史台异议分子的大清洗，自御史中丞以下，一大批台谏官员被皇帝赶出了朝廷。而在民间，刚刚出版《论语正义》、拒绝赴茂材制科考试的石越，再次刊发了惊世之作——《疑古文尚书伪作论》。

    这本书的内容，是石越凭出色的记忆，综合了阎若璩《古文尚书疏证》和惠栋《古文尚书考》的考据，证明东晋梅本《古文尚书》是晋人伪作。不仅如此，在书中，石越更是直接攻击《今文尚书》除了《西周书》之外，也全部是后人伪作。《尚书》作为儒家最重要的经典之一，在学术层面受到了石越最猛烈的挑战！

    这就是石越和唐棣等人自《论语正义》之后一直在做的事情之一。

    本来在北宋的时代，今古文《尚书》并没有分开，一直合在一起出版，要到朱熹时才开始慢慢怀疑到今古文《尚书》，把今古文《尚书》分开来讲。此时石越直接攻击《古文尚书》是一部伪作，而《今文尚书》则大部分是战国人写的伪书，如何可以不引起轩然大波？士林顿时一片哗然。

    石越费尽心思写出这本书并公开刊发的目的，除了是要进一步确立自己在学术上的地位之外，就是想要颠覆当时人们对上古三代的认知，关于三代最原始的资料出自于《尚书》，一旦《尚书》的真实性被质疑，那么其权威必然大大下降，而石越便可以借机重新解释经典，构建一个新的上古三代；而且，在宋代的学者们已经开始对传统的经典不再盲目信任，并且提出种种质疑之时，石越的这部著作，无疑会极大地鼓舞这业已出现萌芽的思潮——既然《尚书》都有问题，还有什么不能被怀疑？

    如果说《论语正义》刊印之后，是赞扬远远多过批评的话；那么《疑古文尚书伪作论》一问世，首先便是让许多人目瞪口呆，舆论几乎是短暂性失声。而等到最初的惊愕之后，留给众人的，便是一种复杂的心情。石越考证之细致精确，让《古文尚书》之伪几乎成为一种无法辩驳的事实，士林也只能平静地接受。但是对《今文尚书》的质疑，却未免有证据不足之嫌。一时间批评的声音都是针对《今文尚书》部分而来，其中攻击得最卖力的，便是陈元凤。只不过他的反驳，完全是对石越人品的责难，在学术上实在没有太多的意义。而石越对《今文尚书》某些部分是否伪作，并未给出定论，这些反对的声音没有引来石越的辩护，反而引来了不少著名学者的辩护。

    《疑古文尚书伪作论》的刊印，真正引发了一次学术大讨论，其直接结果就是朝廷明示天下，从此考试不再考《古文尚书》！至于今文经与古文经的战火，由此重新点燃，这却是石越所始料未及的。

    四月的风暴并非仅此而已。

    四月下旬，石越第一部真正意义上自己创作的作品《三代之治》出版。

    这本书全文不到五万字，是一部乌托邦式的著作，以复兴上古三代（尧、舜、禹）的名义，讲叙了一个理想化的世界，包括社会、文化、政治制度等等诸方面的内容。石越与苏轼所谈的民主议会的思想，便反映在这本书中。其中心思想无非是天子是受命于民，而非受命于天，得民意者方能治天下，又指出天子最可倚重的，不是士大夫，而是老百姓……

    “石越通过攻击《尚书》的真实性，先空洞化对三代的记载，然后对上古三代进行自己的解释，借三代的名义抢占对儒家经典的制高点，再辅以对儒家经典的重新解释，完成对儒家学说内部的改革”——这是后世对石越种种行为的解释