，并在到达肌肉时使其肿涨并运动。

    他想象，活力的流动也一定给消化、血液循环、呼吸和一些心理功能提供了动力，如感觉印象、爱好和激情以及甚至记忆。后者尽管只是思维的一个功能，他也用机械术语来解释。如同在亚麻布上用针刺的一些洞，当针拿走后，洞还留在原来的地方一样，重复的经验也在大脑上留下一些小洞，因而也就对活力的流动产生更多的接纳可能。笛卡儿因此就把阿奎那（从亚里士多德那儿提取出来的）有关灵魂有一些“生长性”及“感知性”的功能的学说搁置一边了。在笛卡儿的系统里，这是纯粹理性的，而其它的一些功能则属于肉体。

    他的机械-水力学说在细节上尽管是错误的，可是，它在一个重要的方面几近正确：它把肌肉的控制归因于从大脑经过输出神经传出的刺激。更令人印象深刻的是他的其它一些猜测。他问自己，是什么东西使活力向肌肉流动的呢？他又一次拿皇家花园里的自动装置打比方。行人踩到隐藏的踏板上时，就会打开水龙头，因而启动了这个装置。他说，在生物世界里，感觉刺激也起同样的作用，它们会给感觉器官提供压力。这个压力在通过神经转输进大脑以后，会打开一些特设的阀门，因而引起这种或那种肉体活动。笛卡儿因而成为第一个描述后来叫做“反射”现象的人，即某种特别的外部刺激会引起机体产生某种特别的反应。

    然而，机械-水力学说没有解释意识、推理和意志。笛卡儿相信，那些较高级的大脑活动一定是灵魂（或者思想）的功能。这个会思考的灵魂是从哪里得到这些信息和思想的呢？他说，在它与肉体在有生命的时期共同存在时，它通过肉体的感觉、激情和记忆获取一些思想，而且它还会从所记住的感觉印象当中制造一些信息——想象的物体、梦幻及类似的东西。可是，它最为重要的思想不能够从这样一些来源得到，因为，当他意识到自己的思想因而知道他的灵魂存在时，他从没有以感觉的形式体会到自己的灵魂。灵魂这个概念一定是灵魂本身的一部分。相似地，像“完美”、“物质”、“质素”、“一体”、“无限”和几何公理对他来说都是超然感觉经验之上的，因而就必须是从灵魂本身得来的。它们是天生的。

    想当然，他会补充说，这些一些与生俱来的思想不是在一出生的时候就以成熟的形式存在的，灵魂有一种针对经验产生反应而形成思想的倾向或者习性。“它们是由自然养殖的、原初的真理细菌。”感觉印象使我们在自身发现它们。例如，一个小孩子不知道“从等数中减去等数，余数还是等数”这个普遍真理，除非你给他一个例子。

    他的肉体灵魂二元概念提出了一个极为棘手的问题——当肉体和灵魂在生命期间互相锁定的时候，它们是互相起作用的。肉体的经验会在灵魂中产生激情，而灵魂的思想和意志会引导活力的流动，产生情不自禁的行为，可是，这种相互作用是在什么地方以什么方式发生的呢？无形体的灵魂，它既没有固定的东西，也不占据什么空间，它是怎样与有形的肉体相连接，并接受它的感觉和经验或者对它施加任何影响的呢？

    早期的二元论哲学家们忽略了这个问题，而有生理学意识的笛卡儿却不可能。从他和其他人的解剖学研究当中，他知道，大脑有两个同样的半球，可是，在它的深层，有一个很小的腺体（即松果体）；因为这是个单独的东西，就像灵魂本身一样，而且因为它在大脑里面的位置关系，在他看来，这是灵魂和肉体的显示的连接之处。他猜测，由于其在大脑中的位置，“其最为轻微的运动也会极大地影响活力的流动，反过来说，活力流动的最轻微的变化也会极大地影响腺体的运动。”尽管他从没有解释有形的松果体和无形的灵魂是如何发生接触的，但他确信，它们的确是有接触的，而且灵魂是通过这个腺体来影响肉体的，肉体