到目前，他已经把家庭成员不断增多的家搬到了伯格斯19号一个宽敞的公寓里，而且进展非常顺利，可以享受一份安宁的生活，每年去一次意大利，可是，他还是有很多其它的原因使自己感到很压抑和焦躁不安。1896年，他父亲去世，这件事对他的影响比预期的大得多（他感到自己“被连根拨起”）；布罗伊尔对他的一生帮助甚多，可不能够接受他越来越激进的精神病理论与治疗方法，他们之间的友谊分崩离析；尽管他在大学里一直担任着神经病理学讲师的职位，虽然十多年来不拿工资，可这是份值得人尊敬的工作，但是，他一直就没有被评为更受人尊敬的教授，否则会对他的事业大有帮助。因为所有这些原因，弗洛伊德的精神症状开始加剧，特别是他对钱的事情担心，对心脏病的担忧，挥之不去的死亡念头，还有对旅行的害怕，这使他不可能去参观罗马，尽管他极想去，但一想到这一点他又产生了无法解释的恐惧感。

    1897年夏天，41岁的弗洛伊德开始对自己进行心理分析，企图理解并解决掉自己的精神毛病。从某种程度上来讲，他在分析自己的一些梦的时候已经开始这样做了，可是现在，他每天耽于对自己的详细分析，非常卖力，非常有系统。笛卡儿、康德和詹姆斯——甚或还有苏格拉底——都曾检查过他们各自的意识思想，可只有弗洛伊德想到要去揭开自己的无意识思想的秘密。

    自我分析在词汇上可能是个矛盾。一个人怎么可能指导又被指导呢？同时既是分析师又是被分析者？一个人怎么可能既是病人也是治疗者，他这个病人是怎样把感觉传过去给自己的医师来分析的？可是，没有任何人受过这样的培训，或者有资格去当弗洛伊德的分析师，他只好自己来做了。可是，在某种程度上，他请威尔汉姆·弗里士来做他的代理分析师，因为他对威尔汉姆有很强的依赖感。弗里士虽然是位耳鼻喉科专家，可他也有很多方面的兴趣，包括心理学，还就此发展过自己的一些理论，有些理论非常不错，还有一些是神密和荒诞的。弗洛伊德经常和定期给弗里士写信，把他的研究和自我分析当中发生的一些事情告诉他，还不时地与他见面，就是弗洛伊德所谓的“开会”——两人聚在一起两三天，激烈地讨论他或者弗里士的工作和理论。弗里士给弗洛伊德的回信不复存在，他们在聚会中的谈话也没有记录留下来。可是，一般相信，他在自我分析中是帮了忙的，或者至少，弗洛伊德在把自我分析的结果告诉一位可信赖的人的时候，是理清了自己的思路的。

    一连数年，弗洛伊德每天花时间用自由联想和对每天晚上做的梦的检查，来寻找隐藏的回忆、早期的经历和隐藏在每天的愿望、情感、说话走题和很小的记忆消失后面的一些动机。他要了解自己，并且通过他自己来理解全人类共通的心理现象。“这种分析比任何别的分析都要困难些，”他在这个过程的早期对弗里士说，“可我相信，应该做这件事，而且也是我的工作当中一个必须经历的过程。”一次又一次，他以为已经做完了，哪知发现并非如此。一次又一次，他走入了死胡同，努力找寻一个出口——终于找到了，如他后来在一封信中所言：

    在我的内心，我现在体会到了我自己作为第三方看到在我的病人身上所经历的所有事情——一天接一天，我陷入情绪的谷底，因为这天的梦、幻想或者情绪我一点也没有理解，可在别的日子里，当一束亮光把一种连贯带到图景之中时，以前消失的一切又一次作为目前的铺垫而显示出来。

    毫不奇怪，这工作很难做。他是在揭示他自己的“粪堆”，如他所言，是一些因为令人难堪或者会产生内疚感而深藏起来的记忆，比如他在儿童期对一位兄弟的妒嫉（他在摇篮期就死掉了，从而在弗洛伊德的心中留下了永恒的内疚感），他对父亲又恨又爱的矛盾感情，而且特别是有一个时期，