建立和健全了财政制度和机构。1936年5月24日，陕北省委、省苏维埃政府发出紧急动员收集粮食的号召，决定进一步向群众借粮2000石，买粮2500石，6月底以前完成。同时发动群众送粮慰劳红军，各机关开展节粮运动，以保证红军供应。

    1936年1月15日，中央政府西北办事处公布了《西北苏维埃选举法》。陕北省苏维埃政府指示各县按照选举办法，选出陕北省苏维埃代表。3月10日至15日，陕北省苏维埃第二次代表大会在瓦窑堡举行，会议代表339人，吴亮平、王观澜、邓振询、郭洪涛先后致词，马明方作了报告。大会选举马明方、霍维德、艾楚南等49人为省苏维埃执行委员。在16日举行的第一次执委会上，推举13人组成主席团，马明方任省苏维埃政府主席，霍维德任副主席。

    在红军东征和西征时，马明方号召各级苏维埃政府在各级党委领导下动员大批人力物力，全力支援革命战争；同时号召各地广泛开展游击战争，巩固和扩大根据地，争取国民党东北军和西北军联合抗日。1936年7月，马明方在中共中央办的《党的工作》第三期上发表《游击区域内的苏维埃工作》一文，文中指出：（一）主力红军向西行动之后，党中央明显的给我们指出，陕北的主要任务是支持着顽强的游击战争。在这些地区，第一位的重要工作是积极领导游击战争，号召广大群众参加游击队，扩大原来的游击队，创造新的更多的游击队和击小组，使游击队和游击小组如蛛网般普遍地发展起来，在敌人的前方侧方后方去行动、袭击，以至消灭进攻我们的敌人。决定游击战争胜利的重要的，是全体赤卫军和全苏区群众的总武装与总动员，使群众的武装动员和游击队的行动打成一片。（二）苏维埃应在边界和工作薄弱的地区，加强侦探网的布置。要将得力的可靠的同志打进民团、保甲、白军部队做间谍。对于豪绅地主和对苏维埃表示不满意的可疑分子，应监视和侦察他们的行动。（三）争取广大的白军士兵与官长是保证游击战争胜利发展的重要工作。白军长官士兵一般地存在着抗日与同情我们的情绪，苏区的每个男女在接近白军士兵长官时，应当注意做争取他们的工作，利用各种机会建立白军中上层和下层关系，争取一切可能，与敌人建立互不侵犯，共同抗日等协议。（四）在土地革命未解决的地区，必须利用一切可能，进行分配土地的斗争，使群众从封建地主剥削之下解放出来，而能更坚决为着自己的利益而斗争。我们的同志在任何艰苦的环境下应当以百折不挠的精神为着巩固和扩大我们的抗日根据地，创建国防政府与抗日联军，为争取中华民族的解放与领土完整而奋斗到底！马明方的这篇文章，其实是陕北省苏维埃的动员令，对当时陕北革命斗争起了重要指导作用。

    1936年冬，中共陕北省委书记郭洪涛调任中共中央组织部副部长，马明方被中央任命为中共陕北省委书记。

    1937年2月，中共中央决定成立中共陕甘宁特区委员会，任命郭洪涛为书记，马明方为委员。5月2日至14日，全国党代表会议在延安举行，正式代表226人，列席代表74人，马明方为正式代表，并被选入主席团。15日，中共陕甘宁特区第一次代表大会在延安举行，马明方当选为特区党委委员。中共陕北省委随后撤销。

    1937年9月6日，陕甘宁边区政府成立，马明方先后任边区政府主席团委员兼内务部代部长、民政厅厅长。后因积劳成疾，经中央批准于1938年4月去苏联治病。