马明方担任中共中央财政贸易工作部部长近五年。在此期间，他于1958年7月间在陕北考察了半个多月，于8月24日向中央书记处写了《关于陕北农业生产问题的报告》，对治沟治沙等提出具体意见。他说：陕北地形复杂，沟渠纵横，有毛沟、支沟、干沟。米脂县境内有长达20里到100里的沟渠18条，5里到20里以下的沟渠182条，5里以下的沟渠4000多条。其他各县大体如此。如果在这些沟渠拦洪蓄水就可以扩大水地面积。治理的办法，一般应当由毛沟到支沟，再到干沟，分段蓄水，节节利用；治完一条沟，再治一条沟，先治有水的，开展大的沟，次及其余。治理沟渠的基本工作，概括言之，一日土石工程。二日生物措施。治沟必须和治山相结合，但应以治沟为主，以便迅速地普遍地取得水利。治山在目前应以能够控制水土流失，减轻洪水对沟渠水利工程的压力为目的。对于生物覆被较好的山区，主要是保护现有林木和野生植物，使之继续生育发展；对于准备退耕的土地应积极培植各种易生植物，以收到水土保持之效；对于现耕的缓坡地带，应尽力做好田间工程。他说：陕北沿长城一线有近1000万亩流沙，大风一起黄沙滚滚，对于农田的危害极大。榆林地区已经创造出一套治沙办法，就是种树，种沙蒿，引水排沙，很有成效。从榆林到定边一线的防沙林带已具雏形。沙上种沙蒿，生长极快，二三年内就可将沙覆盖。种沙蒿、种树，种乔木和种灌木并举。30年前榆林有个马德峰，在沙地上培植起300亩大的一片林带，足见沙漠变林田并不是新事。引水排沙，四五丈高的沙丘几小时之内即被拉平，水到之处一片汪洋，流沙就难以流动。榆林的治沙经验，我看在沙漠地区都可推行。马明方关于治沟、治沙的意见，在今天仍有现实的指导意义。

    1960年9月中央财政贸易工作部撤销后，10月中央任命马明方为中央东北局第三书记。马明方到东北工作。