为自性本来是自净自定的，不必另着相而修禅定(同上．19节)。他还批评当时流行的看心、看净的禅法，他说：“此法门中，坐禅元不着心，亦不着净，亦不言不动，若言看心，心元是妄，妄如幻故，无所看也。若言看净，人性本净，为妄念故，盖覆真如，离妄念本性净，不见自性本净，起心看净，却生净妄，妄无处所，故知看者却是妄也。净无形相，却立净相，言是功夫，作此见者，障自本性，却被净缚。若修不动者，不见一切人过患，是性不动。迷人自身不动，开口即说人是非，与道违背，看心看净，却是障道因缘。，，(同上·18节)。慧能所批评的可能是当时神秀北宗所提倡的禅法，他是从自性本净、一切法都是性空虚妄而无分别的思想出发来批评的。据他看来，一切法相如心、净、不动等也都是虚幻的，如果认为它们是实在的那就是执着于法相，就为法相所束缚了，就还处于相对的、分别的、二元论的限度内。如对于还处于是非相对分别的人来说，他就不知自性本来是不动的，必然会执着于不动的法相而修。

    慧能提倡定慧一体的思想方法，与传统的、一般的将定慧分开的做法相比，他实际上是强调了慧——无分别的般若智慧的作用。所以他反复强调自性本有般若智慧，“一切时中，念念不愚，常行智慧，即名般若行。”(同上·26节)，“若无尘劳，般若常在，不离自性。”(同上·27节)。

    自性般若就是一种无分别智，般若与烦恼也不是平行、对立的，二者不是处于同一层次上的，无分别的般若智慧是比分别、烦恼更为深层、更为本质性的，烦恼是为无分别的般若所融摄的。宗宝本《坛经》中记载了这么一段说法，朝廷内侍薛简听了慧能说：“道无明暗，明暗是代谢之义。……故《净名经》云：法无有比，无相待故”之后，问道：“明喻智慧，暗喻烦恼，修道之人，倘不以智慧照破烦恼，无始生死，凭何出离?”，慧能说道：“烦恼即是菩提，无二无别，若以智慧照破烦恼者，此是二乘见解，羊鹿等机，上智大根，悉不如是。”大乘见解则是“明与无明，凡夫见二，智者了达，其性无二，无二之性，即是实性。实性者，处凡愚而不减，在贤圣而不增，。住烦恼而不乱，居禅定而不寂。不断不常，不来不去，不在中间，及其内外，不生不灭，性相如如，常住不迁，名之曰道。”(护法品第九)。

    所以烦恼在本质上即是菩提，而不是与菩提对立的，若认为以智慧“照破”烦恼，则仍然是将烦恼与智慧对立起来，没有认识到无分别的实性。

    慧能对于这种不二、五分别智的思想方法还有一次集中的、总结性的说法，他教门人弟子以后说法要不失本宗，?举三科法门，动用三十六对，出没即离两边，说一切法，莫离于性相，若若有人间法，出语尽双，皆取对法，来去相因，究竟二法尽除，更无去处。”，“对，外境无情对有五：天与地对，日与月对，暗与明对，阴与阳对，水与火对。语言法相对有十二对：有为无为、有色五色对，有相无相对，有漏无漏对，色与空对，动与静对，清与浊对，凡与圣对，僧与俗对。老与少对，大与小对，长与短对，高与下对。自性起用对有十九对：邪与正对，痴与惠对，愚与智对，乱与定对，戒与非对，直与曲对，实与虚对，险与平对，烦恼与菩提对，慈与害对，喜与嗔对，舍与吝对，进与退对，生与灭对，常与无常对，法身与色身对，化身与报身对，体与用对，性与相对，有情无情对。”(敦煌本《坛经》·46节)。

    宗宝本《坛经》在有些地方意思表达得更清楚，如其中说：“若有人问汝义，问有将无对，问无将有对，问凡以圣对，问圣以凡对，二道相因，生中道义。如一问有对，余问一依此作，既不失理也。设有人问，何名为暗?答云：明是因，暗是缘，明没则暗，以明显暗，以暗显明，来去相因，