人商定，然后起草作战命令，下达行军路线，睡觉时往往将近黎明。遇有紧急情况时，常常彻夜不眠，白天又要同大家一起行军。由于粮食缺乏，他同大家一样吃野菜和青稞，终于积劳成疾，到8月上旬，连续几天一直发高烧，不能进食。医生检查后确诊是肝炎，已变成阿米巴肝脓肿，急需排脓。但是在当时环境下无法消毒，不能开刀和穿刺，只能用治痢疾的易米丁，并从高山上取来冰块冷敷在他的肝区上方。同时把因病编在休养连的邓颖超调来照料。周恩来睡在木板床上，一直昏迷不醒，邓颖超就在地上铺了点稻草，睡在一旁照看。靠着冰块局部冷冻，周恩来逐渐清醒过来，后来排出了半盆绿色的脓，烧慢慢退下来，才发现邓颖超在他身边。

    这时候，军情紧急。8月19日，中共中央政治局开会研究常委的分工，决定毛泽东分工负责军事。20日，中共中央在毛儿盖召开政治局会议。周恩来因病没有参加。会上，毛泽东首先作报告，再次强调北上创建根据地的方针，并指出红军到达夏洮流域后，应向东向陕甘边界发展。会上大家同意这个方针。

    8月21日，右路军开始北进过草地。草地一望无际，都是绒密的青草，气候恶劣，天天下雨，水流满坑遍野，有些地方三四十里水深及膝，犹如泽国。水呈淤黑色，发出阵阵腐臭气味，喝了立刻肚子发胀，甚至胀而致死。地质面硬而下软，因为地面长满青草，草根互相联结，草丛下河沟交错，泥泞不堪，人走在草上就会摆动，必须小心翼翼，轻轻踏步，一不留神就会陷入泥中。地面下的淤泥松而且黏，人和骡马一陷入其中，就不易挣扎出来，越陷越深，甚至遭灭顶之灾。许多干部战士在此恶劣的环境中长途跋涉，缺吃少穿，体质已十分虚弱，牺牲在这草地中。红军在草地行军，没有固定的道路，全靠自己开辟，认准北方，向北前进。

    周恩来随红3军过草地，他连续几天发高烧，没有吃东西，身体异常虚弱，根本不能行走。看到这个情况，彭德怀果断地说：“抬”。他要红3军参谋长萧劲光组织担架队，把周恩来等领导同志抬出草地。担架队组成后，在1925年东征中曾任周恩来副官的陈赓自告奋勇担任队长。兵站部部长兼政委杨立三坚持要亲自和战士一起抬周恩来的担架，艰难地走过了草地，磨破了双肩，自己也累病倒了。周恩来自己无法走，心中很难受，多次想挣扎着走下担架来又做不到。几十年后他仍念念不忘这段革命情谊，50年代杨立三去世时，时任国务院总理的周恩来，一定要亲自给杨立三抬棺送葬。

    胡宗南发现红军北上后，即令第49师于8月27日向包座急进，会同在上下包座地区的独立旅堵截红军。8月底，已经北出草地的右路军与敌军激战，歼敌军一个师共5000多人，缴枪1500支，完全占领上下包座。这是红一、四方面军会合后的第一次重要战斗。至此，红军北出甘南的门户已经打开，胡宗南的主力部队远在千里之外，甘南敌军不多，碉堡封锁线尚未筑成，从下包座到甘肃的西固、岷州只有五六天路程，沿途是汉人区，路宽、粮多、房多，如果左路军能迅速靠拢过来，红军集中向东北开进，将能打开新的局面。

    这时，左路军也已经过了草地，到达阿坝地区。但是，到阿坝后，张国焘又对北上发生动摇。9月2日，他致电中央，说什么“噶曲河水涨，上下30里均无徒涉点”。3日，他又致电中央，公然反对北上方针，决定南下，说什么“茫茫草地，前进不能，坐以待毙”，“决定明晨分三天全部赶回阿坝”。还说，再北进，不但时机已失，恐也多阻碍，要右路军也南下“回击松潘敌”。

    9月6日，周恩来随红3军在阿西，得知在甘肃南部的国民党军只有新编第14师师长鲁大昌的一部，于是和彭德怀、李富春告知红1、3军休整几天，并致电在前面的红1军集