可灼，仅令回籍调理，岂不以己实荐之，恐与同罪与？臣以为，从哲纵无弑之心，却有弑之罪，欲辞弑之名，难免弑之实。《实录》中即欲为君父讳，不敢不直书方从哲连进药二丸，须臾帝崩。恐百口无能为天下后世解也。”他把进药算在方从哲头上，用的是《春秋》笔法，当时都被认为确是追本溯源之论。他在疏中还提到了方从哲和郑贵妃相互勾结的事实。最后更说：“臣在礼言礼，其罪恶逆天，万无可生之路。若其他督战误国，罔上行私，纵情蔑法，干犯天下之名义，酿成国家之祸患者，臣不能悉数也。陛下宜急讨此贼，雪不共之仇。毋询近习，近习皆从哲所攀援也。毋拘忌讳，忌讳即从哲所布置也。并急诛李可灼，以泄神人之愤。”邹元标在疏中也说：“元辅方从哲不伸讨贼之义，反行赏奸之典，即谓其无心，何以自解于世？”

    孙慎行和邹元标都是以鲠介著称、威望极重的大臣，他们的议论所引起的波澜更大。方从哲对此，只有一面尽力上疏辩解，一面自请削去官阶，并愿远流边方，投畀四裔。他这样做，一在稍平公愤，二则也望有人代他辩解。他这人在京居住多年，又且久任首辅，暗结宫闱，党羽实也很多。这时便有很多内侍在御前替他说话。孙慎行在疏中所说的“近习”，指的正是这些内侍。在外廷，也有些人纷纷为方从哲说话，如刑部尚书黄克缵、给事中汪庆百、御史王志道、徐景濂便都上疏力言：“诬先帝以非寿终，臣子之心何忍？”企图以此为解。孙慎行在疏中所说的“忌讳”，指的便正是他们所说的这些。

    由于为方从哲辩解的人所说的都很无力，所以红丸一案一时仍难了断。最后还是阁臣韩爌上疏，详细说明了进红丸时他所目睹的实况，并又建议把李可灼和崔文升都另行处理，才勉强压住了众议。韩爌为人老成，并不趋附方从哲等人，他和刘一燝都是在进红丸的前几天才入阁的，进红丸时他又是当时在场的大臣之一，所以他的说法易于取信。

    李可灼和崔文升很快也都重新予以处理，李可灼判为流戍，崔文升则发往南京安置。红丸一案，至此才算暂时作了了结。